不过呢，雅万高铁在修建时，还是遇到了不少麻烦：
1：征地，雅万高铁需要征用600公顷的土地，而这些土地又涉及8000多个业主，土地性质复杂，每一个业主，每一块地都要一个个的去谈，工作量非常大，还有很多业主一听是修高铁，立马狮子大张口。最后还是在印尼政府的帮助之下，才完成征地工作。
2：地质条件，雅万高铁沿线是热带雨林气候，存在大量的良地质和特殊岩土；其中雅万高铁1号隧道地质条件不仅差，而且经过火山堆积层，岩体破碎，自稳能力差，施工难度非常高。
3：上下游，雅万高铁需要用到50米钢轨，可是印尼不具备生产这种钢轨的条件，只能从我国进口；而且印尼连运输50米钢轨的条件都没有，只能我国自己想办法。类似于这样的情况还有很多，可以说在国外修建高铁，比国内难度要高许多。
4：疫情：为了确保项目正常进行，以及工人不被感染，相关工作人员想了很多办法，确保没有因为疫情而停1天工。
总的来说，我国克服了以上所有的不利条件，终于修建了这条高铁，而且在修建这条高铁时，我国还为印尼培养了大量的技术工人，这些人有的来我国留学，有的在上岗前参加岗前培训，手把手传授技术，大量雇用当地人，这对于印尼来说非常重要。
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