贝加尔湖的形成和地质运动有关，贝加尔湖位于亚欧板块以及阿穆尔板块之间，由于这两个板块之间不断远离，导致板块之间形成了大峡谷，后来逐渐演化出湖泊，甚至能够演化出海洋。
由于位于板块之间的地区，经常会爆发地质灾害，比如：火山或者地震，而这些地质灾害又会加剧贝加尔湖的拓展程度，使得贝加尔湖的湖面面积不断扩大，深度不断增加，以至于成为世界上最深的湖泊。
贝加尔湖当地的降雨量较少，湖中的水资源主要来自于周围河流的补给，其中色楞格河是贝加尔湖的主要补给河流，占据了湖泊水量的50%以上。除了色楞格河之外，贝加尔湖还有335条补给河流，河流的流域面积达到了56万平方公里。
贝加尔湖的流出河流只有安加拉河，而且年均流量只有1870m³/s。
流入的淡水资源多，再加上流出的淡水资源少，而且贝加尔湖当地气温较低，每年有长时间的冰封时期，因此贝加尔湖的蒸发量小，使得淡水能够不断稀释湖泊中积累的矿物质，因此贝加尔湖属于淡水湖。
而同样是内陆湖的青海湖，由于蒸发量较大则成为了咸水湖。
