虽然先后有东区海底隧道及西区海底隧道通车分流，但由于两隧收费较红隧高昂（收费由港币13元至200元不等），且地理位置又不及红隧方便，故红隧挤塞的情况不但未有改善，而且日益恶化，尤其在繁忙时间、周末及假日前夕，红隧交通必定瘫痪，连接红隧的道路，亦会严重挤塞，沙中线工程期间更影响部分路段，加重挤塞情况，甚至到午夜12时仍可见到车龙。而香港仔隧道亦受红隧倒塞的车龙影响，繁忙时间内有机会间歇性封闭，南港岛线于2016年12月28日通车后，香港仔隧道及坚拿道天桥车流才稍为回落。各2015年红隧平均每日行车量达115,722架次，相比其设计用量8万架次，超出近半。其后东区海底隧道及大老山隧道的30年专营权分别已于2016年8月7日及2018年7月11日届满，香港政府收回管理，但由于香港2号干线行车隧道位置相对香港1号干线行车隧道而言偏远，早已定位往返新界东、九龙东和港岛东，对分流红磡海底隧道挤塞帮助有限。加上香港3号干线的西区海底隧道多次加价，即使中环湾仔绕道于2019年2月24日全面通车，西隧出口配套交通改善，但政府实施三隧分流告吹；东铁线红隧过海段已于2022年中投入服务，铁路能够取代部分过海巴士及私家车的需求，但估计要到2023年8月西区海底隧道的30年专营权届满并调整3条过海隧道的收费后，红隧挤塞情况才会有更明显改善。中环湾仔绕道于2019年2月24日全面通车后，告士打道、维园道及东区走廊的挤塞情况才稍为改善。
事件
宝珊道山泥倾泻事件
1972年6月18日晚上8时55分在香港香港岛半山区宝珊道发生的山泥倾泻，驻港英军奉召到场救灾，更从九龙和新界的军营派出车队支援，并驶经尚未启用的红磡海底隧道。
管道维修
平日凌晨时份，红隧仅有的2条管道其中一条会停止使用以便维修。剩下的一条管道则会改为双程行车，并会收紧车速限制。2001年红隧曾无法在凌晨完成重铺路面的工程，使红隧在上班繁忙时间仍需要维持单管道行车，几乎完全瘫痪港岛和九龙的交通，车龙成“十字型”分成东西向和南北向两段，分别由港岛东区的太古城伸至西区的西营盘，以及由九龙公主道、窝打老道伸延至香港仔隧道及香港岛南区。
行车时间监察系统
近年运输署在海底隧道及其余两条海底隧道安装了行车时间监察系统，并在港九通往隧道的主要道路设置行车时间显示板，显示经3条隧道过海的预计行车时间，方便驾驶人士选择使用最方便的海底隧道及行车路线。
1970年代位于奇力岛入口
海底隧道红磡收费广场
海底隧道内观
