长赣铁路起于长沙市望城区常益长铁路长沙西站东咽喉，向北沿长沙绕城高速公路西侧走行，随后跨越高速公路折向东，并行石长铁路南侧走行跨过湘江后至长沙市开福区，上跨京港澳高速公路、京广高铁、绕城高速公路后至黄花机场 T3 航站楼南侧 300m 设黄花机场地下站，并设云贵厦联络线、西南联络线区间出岔接入长沙南站。
线路出机场站后向东行进上跨平汝高速公路、浏洪高速公路至浏阳市城区北侧设浏阳站，出站后线路向南跨过沪昆高速公路后折向东并入既有萍乡北站，并设渝长沪联络线引入萍乡北站沪昆场，其间设上栗站。
出萍乡北站后线路上跨沪昆高铁、沪昆铁路，于芦溪县南侧设芦溪南站，经张家山、武功山隧道后至吉安市，上跨泉南高速公路、分文铁路、吉衡铁路、泰井高速公路至井冈山城区东侧设井冈山东站，其间设莲花东、永新南站，出站后线路向南于遂川城区东侧设遂川站。尔后线路南行至赣州城区北侧，设蛤湖线路所，正线向西引入赣州西站至线路终点。
同时设赣瑞龙联络线侧向出岔向东跨过京港高铁（南昌至赣州段）、赣江后于京港高铁南侧设赣州北站，出赣州北站后，联络线并行京港高铁东行，左右线绕行接入赣瑞龙铁路区间路基与赣瑞龙铁路贯通。
车站设置方案
全线共设长沙西（不含）、黄花机场、浏阳、上栗、萍乡北（既有）、芦溪南、莲花东、永新南、井冈山东、遂川、赣州西（既有）、赣州北等 11 个车站。
其中，除长沙西、萍乡北、赣州西 4 个车站为在建或既有车站外，其余车站均为新建车站。
