吴哥窟苏耶跋摩二世浮雕。
不过气候变迁是一回事；统治阶级的腐败、大型建筑劳民伤财，以及周围强权的兴起，恐怕才是主因。
首先，是来自泰国（当时称为暹罗）的挑战：1431年素可泰王朝的军队发动攻击，包围吴哥7个月，进而攻陷；高棉王朝也被迫东迁到现在的金边一带，重新建立国都。
根据当地的中世纪碑文史料记载，1546年开始到1564年间，金边王朝安赞一世下令在未完成的吴哥窟北回廊和东回廊上继续进行浮雕工程。此阶段的高棉雕工明显地受到来自暹罗阿瑜陀耶王朝的暹罗美术影响。之所以会这样，是因为1569年到1584年的15年，是缅甸东吁王朝君王勃印曩攻占阿瑜陀耶都城的阶段。这段期间对柬埔寨来说，刚好对暹罗停战，是一段难得可以享受和平的时光。
在此之后，由于暹罗与缅甸也发生战争，柬埔寨一度试图“中兴”失地，从1591年到1594年间在吴哥、马德望等地大规模作战。
雨林中。
据史料记载，战场上什至出现来自西班牙、葡萄牙的雇佣兵，葡萄牙人柯德的记录便是明证；来自阿拉伯的火炮、中国的攻城器等“当时全球最先进”的军备。不过最后仍以泰国大胜告终，柬埔寨皇室成员被俘。至此，高棉王朝再也没能恢复过往的荣耀。
同一时期，东边的越南势力也逐渐强大，并也开始对迁都后重建的四臂湾王朝（同样是高棉族所建立，直到16世纪时，正式使用柬埔寨为国名）进行侵略。
在往后的16到19世纪初，柬埔寨便一直夹在中南半岛两强：泰国与越南之间。公元1698年至1757年，越南（阮朝）征讨金边，占领边和、嘉定、河仙、寻奔、雷巤、枫龙等地，这些地方基本是今天的越南南部六省之地。
直至1841 年，暹罗打败越南并占据金边，另立魁儡政权，使得柬埔寨完全沦为泰国的附庸国。
肆西方列强涉足东南亚后，更难决定自身命运随着时间走到近代，当西方列强开始着眼于东南亚的利益分配时，外来势力的侵略、与各方势力纠葛下，柬埔寨高棉人对自身命运的无力，更上升到另一个等级。
殖民地时期的东南亚。
19世纪开始，英国已经殖民印度；而1863年，法国入侵，柬埔寨沦为法国殖民地，在1885年中法战争后，正式将越南纳入“被保护国”，并进一步把柬埔寨纳入“法属印度支那”的版图。
此时的柬埔寨国穷民弱，并早在20年前便已由国王诺罗敦一世和法国签署“保护条约”。当然，说是“柬埔寨”与“法国”签署条约，其实不完全正确，因为当时整个柬埔寨基本已经属于泰国曼谷王朝的附庸，因此基本上柬埔寨的前途，很大程度上是受到泰国与法国，以及“泰法关系”的影响而决定的。
到了1893年爆发的法暹战争，法国军队更直接在曼谷大皇宫外架起大炮，要求泰国把柬埔寨和寮国完全交由法国来统治。
东南亚英文地图。
伍二战后独立曾有短暂“黄金十年”，却迎来更大悲剧在二次世界大战期间，柬埔寨又几经法国、泰国、日本等手中交替，1940年，第二次世界大战中法国沦陷，柬埔寨被日本占领；1945年，日本投降后，重新成为法国殖民地。直到1953年由西哈努克国王争取到美国支持宣布独立，并仿效法国第四共和草拟宪法，行君主立宪制度，至此才算是脱离了由盛转衰后几百年来，不断遭受外力侵犯、国运完全无法自主的窘境。1954年，日内瓦会议，法国被迫从柬埔寨撤军，柬埔寨正式独立。
