园林生态系统的空间结构指系统中各种生物的空间配置状况，通常分为水平结构和垂直结构。
园林生态系统的水平结构指园林生物在园林边界内地面上的组合与分布，狭义地讲，主要指园林植物于一定范围内在水平空间上的组合与分布。它取决于物种的生态学特性、种间关系及环境条件的综合作用，在构成群落的形态、动态结构和发挥群落的功能方面有重要作用。
园林生态系统的水平结构直接关系园林景观的观赏价值和园林生态系统的物质交换、能量转移和信息传递。因各地自然条件、社会经济条件和人文环境条件的差异，其在水平方向上表现为以下三种结构类型。
（1）自然式结构。
园林植物在地面上的分布常表现为随机分布、集群分布、均匀分布和镶嵌式分布四种类型，无人工影响的痕迹。各种植物种类、类型及其数量分布无固定形式，表面上参差不齐，无一定规律，但本质上是植物与自然完美统一的过程。因此，园林植物采用参差不齐、种类和数量不等的法则就是遵循自然规律的一种表现。
只有对植物的生理生态习性、植物与环境间的适应、植物与植物的种间种内关系有全面的了解，才能配置出较为理想的自然式结构。各种自然保护区、郊野公园、森林公园的生态系统多是自然式结构。
（2）规则式结构。
园林植物在水平方向上的分布按一定的造园要求安排，具有明显的规律性，如圆形、方形、菱形等规则几何形状，或对称式、均匀式等规律性排列，具某种特殊意义，如地图类型的外部形态等等。一般小型城市园林、小型公园的生态系统采取规则式结构。
（3）混合式结构。
园林植物在水平方向上的分布既有自然式结构，又有规则式结构，二者有机地结合在一起。在造园实践中，有些场合单纯的自然式结构往往缺乏庄严肃穆的氛围，而纯粹的规则式结构则略显呆滞，因而绝大多数园林采取混合式结构。
因为混合式结构既能有效地利用当地自然环境条件和植物资源，又能按照人类意愿，考虑当地自然条件、社会经济条件和人文环境条件提供的可能，引进外来植物构建符合当地生态要求的园林系统，最大限度地为居民和游人创造宜人的景观。
园林生态系统的垂直结构即成层现象，是指园林生物在一定的区域范围内垂直空间上的组合与分布，特别是园林植物群落的同化器官和吸收器官在地上的不同高度和地下不同深度的空间垂直配置状况。在垂直方向上，环境因子如地理高度、水体深度、土层厚度的不同而使生物群落形成适应不同环境条件的各类层次的立体结构。目前，园林生态系统垂直结构的研究主要集中在地上部分的垂直配置上。
主要表现为以下六种配置状况：
①单层结构，仅由一个层次构成，或草本，或木本，如草坪、行道树等。②灌草结构，由草本和灌木两个层次构成，如道路中间的绿化带配置。
③乔草结构，由乔木和草本两个层次构成，如简单的绿地配置。
④乔灌结构，由乔木和灌木两个层次构成，如小型休闲森林等的配置。
⑤乔灌草结构，由乔木、灌木、草本三种层次构成，如公园、植物园、树木园中的某些配置。
⑥多层复合结构，除乔、灌、草以外，还包括各种附生、寄生、藤本等植物配置，如复杂的森林或营造的一些特殊的植物群落等。
