▲1999年建国50周年大庆前夕，第一批BK6111型压缩天然气公交车，在长安街1、4路上正式
第四阶段：特殊的市场化运营
2000年前后，北京公交进入特殊的市场化时期。当时正赶上下岗潮，北京市交通局下属单位组织成立了运通公交公司，作为北京公交系统单位的补充，吸纳了大量社会下岗职工再就业。
▲2014年大批量应用LNG清洁能源铰接车型
至于路线设置得也很有意思，这些线路并不固定，开通之后会随着客流不断调整线路，哪儿人多就去哪儿，这样能收更多车票钱，效益更好，如果挣钱就一直延长。
所以，很多线路刚开通时，只有十几公里，但过了一两年之后，可能就延长到四五十公里的超长公交线路。
第五阶段：智能城市交通
2005年1月1日，北京市公共交通总公司改制，同时更名为北京公共交通控股（集团）有限公司。北京公交的发展开始进入快车道。
定制公交平台随之推出，一人一座，专线直达，目前已经开通超过500个班次，服务场景涉及通勤、通学、巡游、景区等。
2017年，北京公交集团正式投入使用了调度应急指挥中心，将公交调度、视频监控、运维保障等多个系统集成一体。
后续又陆续成立30多个分指挥中心，让北京公交体系智能化、集成化。
2022年，已经实现城区站点500米覆盖率99.5%。
