4.颜色的区别
南瓜子外壳颜色呈黄白色，去壳后籽粒呈深绿色。白瓜子去壳后籽粒呈浅绿色，比南瓜子浅颜色稍浅。
5.口感的区别
南瓜子炒熟后吃起来口感香脆，回味清香。白瓜子吃起来口感稍淡，比起南瓜子要略差一些。
6.营养成分的区别
南瓜子含有丰富的蛋白质、维生素A、维生素C、B族维生素等物质，此外，它还含有大量的镁、钙、钠、锌、硒、不饱和脂肪酸和亚油酸等微量元素。白瓜子虽然也含有和南瓜子差不多相同的物质，但它所含的亚油酸和微量元素硒没有南瓜子的高。这是它们营养成分上的区别。
南瓜子的药用价值更高。据《本草纲目》记载，南瓜子性平，归胃，大肠经，食南瓜子能驱蛔虫。食后不易上火，不像葵花子吃了容易上火。在民间，人们常常将南瓜子炒熟后给孩子吃，用来驱蛔虫。白瓜子虽然也具有一定的药用价值，但它的药用价值没有南瓜子的高。
