3、导致作物发生毒气中毒现象
未经彻底发酵腐熟的农家粪肥（特别是生粪），在土壤继续腐熟的过程中会不断的分解并产生诸多有害气体，如甲烷、氨气、硫化氢等，一方面会*死土壤中的有益微生物，另一方面还会对作物基部的根系、叶片、茎秆等造成毒气危害，从而诱发作物中毒受害，轻则导致作物生长受抑，重则导致作物烧根、黄叶甚至死棵。
4、诱发作物生长过程中缺氧
施入到土壤中的生粪或者发酵腐熟不彻底的粪肥，在田地土壤中继续发酵腐熟的过程中会大量消耗土壤土壤中的氧气，不仅会导致土壤中的氧气含量大量减少，还会与作物根系争夺养分和氧气，严重时会使土壤短时内处于缺氧状态、使作物短期处于窒息的状态，从而对作物的正常生长造成十分不利的影响。
5、加重土壤的酸化危害
一般来说，农家粪肥大多为PH值在3.6-4.7之间的强酸性肥料，虽然农家粪肥养分全面均衡、肥效稳定持久，但使用时如果不结合土壤的酸碱性情况而盲目使用到酸性土壤中上，就会进一步加剧土壤的酸化问题，从而对作物根系的生长发育、作物苗株的正常生长产生巨大危害。
6、造成土壤中重金属、盐分含量等超标
现在不少家畜、家禽大多采用集约化的养殖，在禽畜饲养过程中使用的饲料中往往添加有大量各种各样的添加剂等，而这些饲料添加剂中有大多含有较多的锌、铜、铅、汞、铬、镉、铅、砷等重金属或抗生素，禽畜动物食用后排除的粪便中会含有较多的重金属；如果咱们农民朋友盲目且大量的把这些未经处理的禽畜粪便直接使用到土壤中去，不仅会导致土壤中重金属大量积累残留，而且土壤中重金属含量越高、作物根系与苗株生长受抑情况就越严重（如，当土壤中的铜、锌、铅浓度＞50毫克每千克时，包括西红柿在内的很多蔬菜作物的根系生长就会受到抑制作用），除此之外，土壤中重金属含量超标还会导致作物吸收重金属过量，进而造成农产品中重金属含量超标，不仅会降低农产品的品质，同时对食品安全也有重大威胁。
此外，大部分农家粪肥中含量较多的氯化钠，而土壤中氯化钠的含量过高会抑制作物的生产生长，据数据表明，当土壤中的氯化钠含量超过每亩10公斤以上时，就会对作物的正常生长产生抑制性作用，而每1m³的禽畜粪肥中所含的有的氯化钠就可达5公斤以上，如果长期盲目的过量使用农家禽畜粪肥势必会造成土壤作物盐分含量浓度升高、土壤盐化程度加剧等问题，更严重时会导致土壤中的农作物种子播种后不发芽、移栽定植后的农作物幼苗生长迟缓或不生长。
三、常见农家粪肥的种类、特性及适用方法以目前来看，咱们广大农民朋友使用的农家粪肥种类主要有人粪（尿）、猪粪、牛粪、马粪、羊粪、鸡粪、鸭粪等几种，大体上可以归为人粪（尿）、畜粪、禽粪。虽然同样为粪肥，但每种粪肥都有各自不同的肥料特性、使用方法以及适用范围，大家平时应当注意学习和总结，以便在使用时做到因地制宜、灵活高效的使用。注意：以下粪肥中的含氮量、含磷量、含钾量均为全氮、全磷、全钾。
1、人粪尿
一般情况下，人粪中的各类养分含量大体为：含氮1.1％、含磷0.52％、含钾0.38％、含有机质22％左右；如果是人粪尿的混合物，那么它的各类养分含量大体为：含氮0.7％、含磷0.4％、含钾0.35％、含有机质8-10％左右。从整体上来说，一吨人粪尿大体相当于30公斤左右的硫酸铵、20公斤左右的过磷酸钙、5公斤左右的硫酸钾。
在人粪（尿）的使用上，人粪比较适合做果树基肥使用，但因为人尿中韩较多的氯离子盐分，不利于提高果实的品质，所以人粪尿不太适合做果树肥料使用，也不适合大量用在烟草、马铃薯、红薯等对氯敏感的作物上，可以把人粪尿发酵腐熟后加水稀释成粪尿水或掺混细土做成粪土，然后使用到对氯不敏感的作物上做追肥使用。
2、畜粪
畜粪，指的是家畜（如猪、牛、羊、马等）的粪便，但不同家畜粪便的特性具有一定的差异性，就像农村谚语所说的，“猪粪肥，羊粪壮，牛马粪肥跟着逛”、 “牛粪凉，马粪热，羊粪啥地都不劣”，所以大家在使用各类粪肥时建议特别留意一下。
