在晚熟芒果的种植过程中，病虫害的出现会严重影响芒果的产量和经济价值，所以在晚熟芒果的种植过程中对病虫害的防治就显得尤为重要，要坚持预防为主，综合防治。晚熟芒果的病虫害主要包括白粉病、炭疽病以及细菌性角斑病。晚熟芒果的病虫害防治主要包括农业防治、化学防治、生物防治、物理防治以及综合防治。
3.1 农业防治
农业防治最主要的是选择优良的抗病菌品种，做好灌溉的同时又要做好排水工作，避免积水过多而导致土壤湿度过大，从而影响晚熟芒果树的正常发育。对树干进行合理的修剪，及时剪去病虫枝干。合理施肥增强晚期芒果树的抗病菌能力。
3.2 化学防治
对于晚熟芒果树的化学防治，首先要选好正确的化学药物。一般在发现病虫害的初期使用保护性强的*菌剂，如果病情没有得到控制而一直蔓延就应该在病虫害高峰期尽快选用保护性*菌剂搭配使用，方式主要是采用喷雾式防治。防治时间一般在日照较为不充足的情况下，避免药物挥发，无法达到预期效果。
3.3 生物防治
在病虫害发生时，可以采用诱抗剂和生物农药来进行防治，微生物农药和*菌剂必须分开使用，但是抗生素就要尽可能地配合着化学*菌剂使用。抗生素要控制好使用次数，每个季度不能超过3次，避免病虫对药物产生抗性。
3.4 物理防治
当晚熟芒果结果时，可以采用物理防治，对果实进行套袋保护，果袋的包扎要紧密，防止雨水进入，同时可以及时锯掉病虫害过于严重的枝干，防治病虫害的蔓延，在夜间的时候也可以采用灯光灭虫。
芒果属于呼吸跃变植物，采摘后一样要进行呼吸作用，晚熟芒果的贮藏性并不高，所以要合理地贮藏。现在比较科学的方法包括热水处理法、热低温贮藏法、辐照处理和熏蒸处理等。
4.1 热水浸果法
热水处理法是一种较为方便、安全、经济有效的方法。将刚采集的芒果先先堆放在室内，等待一晚上，让芒果的发汗、降温，随后用清水把芒果洗干净，再用52～54 ℃的热水浸泡8～10 min，并可以在浸泡的过程中加入一定的药剂以便更好地贮藏芒果。在热水浸泡的过程中，可以加入1 000 mg·L-1的特克多，这样可以防止芒果发生炭疽病，在热水中加入苯菌灵等*菌剂会有更好的效果。因为热水浸泡过会破坏芒果的表皮的天然蜡层，这就会导致芒果的早熟，因此要在热水中加入生长素或者马来酰肼，这就会消除热水处理促进芒果早熟的现象。
