不过，在有机质分解的过程中，会释放出来大量腐热和氨气；如果这些腐热在冬瓜根系大量聚集，会给冬瓜带来烧根烧苗隐患，会给冬瓜带来生存问题；此外，有机质分解后，会在土壤中释放出来大量氨气；氨气会挤占土壤氧气分子空间，会造成冬瓜根系土壤氧含量降低；而冬瓜根系好氧性比较强，如果氨气挤占根系土壤氧气分子空间，会给冬瓜根系带来呼吸不畅，和新陈代谢异常问题。
而且，氨气在降解的过程中，也会灼烧冬瓜的茎叶，会给冬瓜带来萎蔫死棵等问题；另外，未经腐熟的农家肥被施入土壤后，还会将其所携带的病菌虫卵和重金属物质带入土壤，会给冬瓜带来滋生和感染病虫害的风险，会给土壤生态良性循环带来一定隐患；故此，不要给冬瓜施用未经腐熟的农家肥。
慎施含氯肥料
冬瓜是一种对氯元素比较敏感的植物，在生产上须慎用含氯肥料；所谓含氯肥料，是指成分中含有氯元素的化肥；比如氯化钾、氯化铵、氯化钙等；根据生产标准，凡是成分中含有氯元素达到3%至15%的，需标注为低氯肥料；凡是成分中氯元素含量达到15%至30%的，称为中氯肥料；凡是氯元素含量超过30%的含氯化肥必须标注为高氯化肥。
氯是植物生长所需的16种元素之一，它可以参与根系吸收和生长发育，也可以参与叶片的光合转化，植物也需要它参与气孔运动；在一定范围内，氯元素可以起到促进植物生长发育的作用；不过，当土壤中氯离子持有水平过高时，或者植株中氯元素浓度过高时；它也能抑制植物的正常生长发育，并在植株体内产生氯毒反应，会导致作物品质下降或减产欠收。
比如土壤中的氯元素含量过大，会给土壤带来酸化和板结问题；因为氯肥本身就是一种生理酸性肥料，它可以加速土壤酸化进程，导致土壤完全酸化；而且，氯肥与土壤中的钙结合，可以生成大量氯化钙；钙是良性土壤不可或缺的重要元素，但它与氯元素生成氯化钙后，易随水流失；如果土壤中的钙物质减少，会导致土壤发生板结现象。
另外，氯离子会随着土壤缝隙潜移到土壤表层，当水分蒸发后，会在土壤表层形成矿质盐体；土壤含盐量过高，会给冬瓜根系带来烧根烧苗问题，会导致冬瓜不能生存；此外，如果冬瓜汲取到过量氯离子，氯会导致植株叶绿素合成困难，会导致叶片白化，会降低叶片光合转化能力，会给冬瓜带来落叶落花化瓜等问题。
如果冬瓜植株体内氯元素浓度过高，还会降低冬瓜果实的品质与耐储性；虽然冬瓜对氯元素比较敏感，但并不代表不能使用含氯肥料；问题是我们并不能准确掌握土壤持氯水平，也不能准确把控氯肥的使用量；如果对含氯肥料了解不够，或者没有专业农技人员现场指导，对于冬瓜，还是慎用含氯肥料为妙。
慎施浓氮肥
冬瓜是一种生育周期较长、枝叶繁茂、结瓜大、结瓜多、结瓜持久的植物；它是一种喜肥作物，但它的需肥规律呈现均衡、全面、轻缓、持久的特点；据有关研究成果显示，每生产1000公斤的鲜冬瓜，需要消耗纯氮1.3公斤至2.8公斤，需要汲取有机磷0.6公斤至1.2公斤，需要汲取钾元素1.5至3公斤。
从这组数据可以看出，冬瓜生产除了对磷物质需求量较少之外，优质高产的冬瓜对氮肥和钾肥的需求量所差无几；故此，给冬瓜供肥，以讲究均衡施肥、平衡供肥为好；不要单一施肥，不要偏施氮肥或钾肥，也不要过量使用氮肥；因为这些施肥内容和形式，不仅不能为冬瓜正常生长带来帮助，而且还会给冬瓜正常发育带来适得其反的效果。
比如偏施氮肥，或者单一使用浓度过高的氮肥；冬瓜发达的根系会一下子汲取到过量的氮素，这会给冬瓜带来旺长徒长的问题；还会导致冬瓜在短时间吸收氮素过量，植株营养水平过高，在营养顶端优势作用下，发生大量落蕾落花和化瓜问题；而且，冬瓜植株氮素水平过高，还会给冬瓜带来易滋生和感染病虫害，和降低冬瓜果实耐储能力等问题；故此，冬瓜不宜单一施肥，不宜偏施氮肥，不宜重施浓度过高的氮肥。
