纽约约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场距纽约市中心曼哈顿约24公里，不仅是大纽约地区主要的国际机场，亦为美国东北部重要的进出大门，更是攸关美国经济的空运枢纽。面积约20平方公里，每日平均起降航班超过1000架次，每年平均客流量4830万人次、货物转口量150万吨，吞吐量在美国各大机场中名列前茅。此外，肯尼迪国际机场也是纽约东部居民重要的工作机会来源之一，每年更为大纽约地区带来超过300亿美元的经济活动效益。
纽华克自由国际机场位于新泽西州，距离曼哈顿西南方26公里，是大纽约地区第二大机场、全国第五繁忙的机场，及美国大陆航空在美国东岸的转运点，但其误机率在美国算是相当高的。911事件后，为了纪念由该机场出发，最后在宾夕法尼亚州坠毁的联合航空93号班机方更为今名。纽华克机场分为A、B、C三个航空大厦，B航厦为国际航班，其余为国内航班。
纽约港是北美洲最繁忙的港口，亦为世界上天然深水港之一。1980年吞吐量达1.6亿吨，多年来都在1亿吨以上，每年平均有4000多艘船舶进出。由于纽约位居美国大西洋东北岸，邻近全球最繁忙的大西洋航线，再加上港口条件优越，又以伊利运河连接五大湖区，因此奠定了其成为全球重要航运交通枢纽及欧美交通中心的地位。在纽约的发展史上，纽约港扮演的角色十分重要。该港不仅为纽约市带来大批的财富及物产，19世纪初及20世纪末时，来自世界各地的移民也透过纽约港进入纽约市，而这些移民及其后代日后都成为了纽约市发展的主力。
纽约港于1614年为荷兰人开始建设，后为英国人所经营。美国独立战争胜利后，纽约港进行大规模建设，由于自然条件优越，1800年便成为美国最大港口。南北战争结束后，美国开始了快速的扩张，经济中心也逐渐转移到北方，再加上移民人口的激增，纽约港日益繁忙，更加速了城市的发展。至1871年，纽约成为美国第一大港口城市。
