到了秦汉，中医药学趋于成熟。
秦朝的法律文书里明文规定对麻风病症状的详细记载，还专门设置了隔离场所。《黄帝内经》中有完整的疫病防治理论，提出在疫前加强预防，在发病早期即早治疗，治疗后防止复发等。
“医圣”张仲景在《伤寒杂病论》等中还提供了防治疾病的辨证处方与药物知识，它成为了中医诊疗规范。
其间的很多方剂至今都还在广泛使用，如治疗呼吸道感染及大叶性肺炎的“麻黄杏仁甘草石膏汤”，治乙型脑炎的“白虎汤”，治疗黄疸及传染性肝炎的“菌陈蒿汤”等，为中国历代控制和治疗瘟疫作出了很大的贡献。
张仲景还在《金匮要略》里提出饮食禁忌，如“六畜自死，皆疫死，则有毒，不可食之……疫死牛，或目赤，或黄，食之大忌”，就是说病死的牲畜或得疫病死的牛等都不能吃。
此外还有大量对疫病有贡献的中医药文献，如晋代葛洪的《肘后备急方》记载了天花、狂犬病等疾疫方法。诺贝尔获奖者屠呦呦就是从书中获得到的灵感，从而提取了青蒿SU，大大降低了疟疾患者的死亡率。
《淮南子》里还有民间总结的经验，如病犬死后不可投入井中，否则会污染水源等。《论衡》告诫人们不能吃老鼠碰过的东西等。到魏晋南北朝时期已形成了制度化的防疫措施。唐代“药王”孙思邈在《千金要方》里提出了用熏药法、向井中投入药物等消毒。
在预防瘟疫方面，古人也有各种办法。如华佗提出用“屠苏酒”，葛洪提出用老君神明散，还有人提出服藿香正气散，而唐宋时期则广泛用香药预防，明代流行焚烧苍术来净化空气以趋疫。
我们从北宋王安石的《元日》一诗中一见端倪，诗中写到：“爆竹声中一岁除，春风送暖入屠苏。 千门万户曈曈日，总把新桃换旧符”，该诗中的爆竹、屠苏、桃符就是数千年来人们驱邪避疫、祛除病灾的寄托。
说明与瘟疫长期抗争、祛灾避疫已成为古人文明的一部分了，从中我们不难看出古人在防疫抗疫中的聪明智慧。
每逢端午时节，家家户户大多都会有这样的习俗，如薰艾烟、泡艾澡、饮艾酒等以避瘟疫之气。其实以艾为原料，早在我国商周时期给病人进行灸疗或针刺时就并行使用过。因此艾叶成了一味传统中药，更是古人祛病避疫的文化象征。
