公元1169 年，张拭知严州，彪居正任书院山长。元代理学家吴澄在《重建岳麓书院记》中说：“自此（朱张会讲）之后，岳麓之为岳麓，非前之岳麓矣！” 公元1194年，在岳麓会讲27年之后，朱熹任湖南安抚使，再一次来到潭州，重整岳麓书院，颁行《朱子书院教条》，岳麓书院再次进入到繁盛时期。
岳麓书院自公元1275年元军攻破长沙时被付之一炬之后，还经历过多次战火，曾七毁七建。除此以外，明代初期，在朱元璋奉行“治国以教化为先，教化以学校为本”的政策下，重视地方官学的复兴，而不倡导书院教育，因此全国各地的书院一度处于颓废状态，岳麓书院也沉寂了百余年。直到成化（公元1465—1487）年间，书院才开始逐渐恢复。
1507年（正德二年），阳明心学一代宗师王守仁带着弟子一行来岳麓讲学，传播心学。王守仁及其弟子在岳麓书院的讲学是继南宋湖湘学派之后，岳麓书院的又一次重要学派活动，使岳麓书院进入一个学术的繁荣时期。嘉靖九年（公元1530年），明世宗颁“敬一箴”及所注程颢视、听、言、动四箴于岳麓，增建敬一亭，后改名四箴亭。明末，东林学派高世泰讲学书院，岳麓书院学术传统又得以发展。
到了清朝，为褒扬岳麓书院办学之功，皇帝先后颁赐“学达性天”、“道南正脉”等匾额，并赐帑赐书，将岳麓书院列为省城大书院，在官府的大力扶持下，岳麓书院办学规模进一步扩大。顺治初年，书院继续办学。雍正十一年（公元1733年），诏令岳麓为省城书院，赐帑金一千两。乾隆八年（公元1743年），乾隆帝赐御书“道南正脉”额匾于岳麓，以褒扬岳麓传播朱（熹）张（栻）理学之功，岳麓书院在全国的地位再次获得肯定。其后，湖南巡抚等地方官府多次拨款以作书院经费，大批有名望的学者被聘任为山长。乾隆后期至嘉庆、道光年间，岳麓书院的建设进一步发展。
（清代御匾“学达性天”）
清代时期岳麓书院主要传授理学和汉学。清道光十一年（公元1831年），湖南巡抚吴荣光在岳麓书院内创办了湘水校经堂，以经史、治事、辞章进行分科试士。清嘉庆年间岳麓书院大修时，山长袁名曜为大门撰写对联，写的上联典出《左传》的“惟楚有材”，让门生们应对，贡生张中阶对的下联典出《论语》的：“于斯为盛”，这个对法既有深厚的文化底蕴，又夸了一番人杰地灵的楚湘大地。这副天下闻名的门联，从那时起便成为岳麓书院的门面担当。
清朝末年，朝廷实施新政后，废书院而兴学堂，“岳麓书院”于光绪二十九年（公元1903年）被湖南巡抚赵尔巽奏废为湖南高等学堂。1912年，湖南高等学堂又奉令停办，工科学生按志愿送到湖南高等工业学校和湖南高等师范学校继续学习。1926年湖南工业、商业、法政三个专门学校合并，正式成立省立湖南大学，以岳麓书院为一院，新建校舍为二院。1937年，省立湖南大学被国民政府教育部确立为国立湖南大学。1959年复名湖南大学。1978年，国务院确定湖南大学为全国重点大学。此后，岳麓书院致力于建设成为培养国学研究、教学方面的高级专门人才的基地，建设成为既有深厚历史文化背景、又具有现代学术研究条件的高端学术平台，成为国际上有重大影响力的中外学术文化的交流中心和国内一流的国学重地。
千年学府岳麓书院，是三湘人才辈出的历史记录。岳麓书院培养出的知名的学子有：太学博士、吏部侍郎彭龟年，刑部侍郎游九功，敷文阁直学士、四川安抚制置使吴猎，哲学家、思想家王夫子，云贵总督、贵州巡抚贺长龄，两江总督、太子少保陶澍，近代启蒙思想家魏源，武英殿大学士、直隶总督曾国藩，军机大臣、两江总督、湘军首领左宗棠，北洋政府国务总理熊希龄，著名教育家杨昌济，北洋政府教育总长、北京师范大学首任校长范源濂，湖南省主席、省长程潜等。
除了知名的学子，岳麓书院还有大量的文物遗存。门额“岳麓书院”为宋真宗的亲笔；大厅中央悬挂两块鎏金木匾：一为“学达性天”，由康熙皇帝御赐，意在勉励张扬理学，加强自身的修养，原额被毁，1983年依康熙字迹重刻；二为“道南正脉”，由乾隆皇帝由御赐，此额为原物。讲堂壁上还嵌有许多极有价值的碑刻文物，如由朱熹手书、清代山长欧阳厚均刻的“忠孝廉节”碑，由清代山长欧阳正焕书、欧阳厚均刊立的“整齐严肃”碑，清代山长王文清撰文的《岳麓书院学规碑》《读书法》等十数方。
碑刻文化也是岳麓书院非常有价值的亮点。碑廊中嵌立着历代遗碑13方及新制的岳麓书院文献史料碑刻27方。这些碑刻中，朱熹手书的“道中庸”以及“极高明”等碑，是书院的重要遗存。“麓山寺碑”位于园林南侧，是中国现存碑刻中影响较大的一块碑，唐开元十八年（公元730年），由著名书法家李邕撰文并书写、江夏黄仙鹤勒石刻篆，因为文、书、刻石都十分精美，所以向有“三绝碑”之称。碑高4米，宽1.35米，碑文共1400余字，碑侧碑阴有宋代大书法家米芾的题刻。
（麓山寺碑）
此外，岳麓书院的御书楼也有很高价值。宋真宗皇帝赐书后更名“御书阁”，元明亦称“尊经阁”，位置有所变动，至清康熙二十六年（公元1687年），巡抚丁思孔从朝廷请得十三经、二十一史等书籍，建御书楼于今址。清代中期，岳麓书院御书楼已发展成为中国民间一座较大型的图书馆，藏书14130卷。现今的御书楼仍然作为古籍图书馆供书院教研人员使用，藏书数量已逾五万册，有大型工具书如《四库全书》、《续解四库全书》、《四部丛刊》、《四部备要》、《古今图书集成》等均有珍藏。
