第三部分是《比较篇第六》、《操练篇第八》、《出征篇第九》主要论述士卒的单兵攻防技术训练、阵法队形训练以及部队在前敌运动时应遵守的规则。
在这一部分，戚继光总结了自己的阵法“鸳鸯阵”，所谓“鸳鸯阵”是一套比较复杂的阵法，组成阵法一共十二个人。
其中一名队长，两名盾牌手，四名长枪手，两个狼筅手，两名镗钯手，一名火枪手。盾牌手在队伍最前，负责防御和吸引火力，狼筅手在两侧伺机用两三米长，带枝叶的毛竹把敌人扫倒，然后长枪手一拥而上，把敌人刺死，镗钯手和火枪手负责后方守卫。
不得不说，这一套阵法简直是对倭寇定制的，因为倭寇多为丧心病狂之徒，武艺好但组织散乱，而戚家军是新招募的，训练不足，武器也不好，所以只能多人分担一人的战斗内容，狼筅控制距离，镗钯控制方向，长牌正面防御，藤牌机动补盲，长枪制造*伤，每个人只干自己的活就行，彼此互相配合，可以完美弥补戚家军训练的不足。
第四部分是《长兵短用篇第十》、《藤牌总说篇第十一》、《短兵长用篇第十二》、《射法篇第十三》、《拳经捷要篇第十四》、《布城诸器图说篇第十五》、《旌旗金鼓图说篇第十六》主要叙述训练士兵如何使用各种兵器或以拳术进行对阵，如何使用营地戒备器械与各种火器及训练部队熟悉以旌旗金鼓指挥作战的法则。
在这一部分，戚继光对传统武术中的花拳绣腿很不喜欢，书中说：“开大阵，对大敌”不同于“场中较艺，擒捕小贼”，“丛枪戳来，丛枪戳去，乱刀砍来，乱*还他，只是一齐拥进，转手皆难，焉能容得左右动跳？”
意思就是，战场上那么多人刀枪来来往往，你武功再高，能防得住所有刀枪？功夫再高，也怕菜刀！
所以戚继光不重视个人武艺，更倾向于新式武器和新式编制，特别是当时已经开始进入火器化时代，火器的巨大威力引起戚继光的重视，创建了冷热兵器配合的军队编制。
《纪效新书》中说：“南方田泥淖陷， 步卒轻捷，重器难行，惟鸟铳第一”。所以戚继光将火器誉为“神器”，大量装备。比如戚继光的车营，火器比为 43.60%，除了车兵个人所配付的火箭及鸟铳，每车都配置两门发射散弹的弗朗机，更有射程超过一千米的大将军炮。
第五部分就是《守哨篇第十七》、《治水兵篇第十八》主要论述训练岗哨、侦察、报警及在海上与倭寇作战的水兵。剩下的就是队形、旌旗式样、兵器战车形制及各种器械或徒手武术套路等的插图250余幅。
在这部分图样里，戚继光最满意的就是自己发明的狼筅，其实就是两根一丈多长而且布满铁尖的带杈毛竹，先是把倭寇扎成瞎子、麻子，同时能阻挡倭寇视线，然后鸳鸯阵的其他战友标枪射、大刀砍，倭寇连还手的机会都没有。
