（一）从生产环节购进农产品。
农业生产者销售自产的农产品免征增值税，免税货物不得开具增值税专用发票。因此，如果农业生产者是税务登记户，销售农产品时应当向购买方开具农产品销售发票；如果农业生产者是农民个人，销售农产品时应由购买方向农民个人开具农产品收购发票；如果购买方到外县市收购农民个人的农产品，不能携带空白的收购发票到收购地开具，可以在收购农产品后回机构所在地开具农产品收购发票邮寄给农民个人，也可以由农民个人到税务机关代开普通发票。为了鼓励农业生产，虽然农业生产者销售自产农产品享受免税优惠，但购买方可以农产品销售发票或收购发票作为扣税凭证抵扣进项税额。
（二）从批发、零售环节购进享受免税优惠的农产品。
根据《财政部国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》(财税［2011]137号）和《财政部国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号）规定，批发或零售蔬菜、部分鲜活肉蛋产品享受免税优惠。因此，批发或零售蔬菜、部分鲜活肉蛋不得开具增值税专用发票，只能开具增值税普通发票。财税〔2017〕37号文件规定，一般纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。由此可见，一般纳税人从批发、零售环节购进蔬菜、部分鲜活肉蛋等免税农产品，不可能取得合法的扣税凭证，不能抵扣进项税额。
(三)从批发、零售环节购进应税农产品。
批发、零售环节销售除蔬菜、部分鲜活肉蛋以外的农产品应当缴纳增值税。如果批发、零售商是增值税一般纳税人，可以自行开具增值税专用发票；如果批发、零售商是小规模纳税人，可以自行开具增值税普通发票也可以申请税务机关代开增值税专用发票。财税〔2017〕37号文件明确，农产品销售发票是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。因此，批发、零售环节的小规模纳税人销售农产品开具的普通发票不属于农产品销售发票，不得作为扣税凭证。一般纳税人从批发、零售环节购进农产品，必须以销售方自行或申请税务机关代开的增值税专用发票作为扣税凭证。
(四)进口农产品。
纳税人进口农产品应以海关进口增值税专用缴款书作为扣税凭证。
