清雍正元年（1723年），驻牧青海的罗卜藏丹津发动反清叛乱。面对青海动乱的形势，雍正帝命年羹尧在西宁运筹调兵平叛。叛乱平定后，设置“钦差办理青海蒙古番子事务大臣”驻西宁，简称青海办事大臣，这奠定了今天青海省级行政区的雏形。
清中前期西宁得到快速发展，到了嘉庆年间，整个西宁府人口已超过70万。西宁周边少数民族的贸易往来和塔尔寺、佑宁寺、东科寺等寺市贸易的发展，为西宁的商业贸易提供了广阔的腹地。
佑宁寺
但是近代以来，随着中国江南地区农产品、手工业品的商品化程度提高和外国商品的倾销，西宁的商贸一度陷入停滞。咸丰同治年间的回族、撒拉族又大大破坏了西宁及其周边的社会经济环境。
在“以回制回”平乱中崛起的回族马家军阀由此登上青海的历史舞台。今天西宁城内的马步芳公馆便是民国年间一度成为青海省政府主席的回族军阀马步芳的私邸。
2016年因马步芳公馆部分导游
在解说中对马步芳的溢美之词
挑战公众的常识和情感底线
被国家旅游局通报批评
并摘去国家AAAA级景区资质
