▲河湟谷地
明朝将蒙古人赶出中原，继承了元朝设置的大部分行政建制，但撤消了甘肃行省，将其东半段划入陕西布政司（省级），河西走廊所在的西半段改设陕西行都司，西界只到嘉峪关，治所甘州卫（今张掖），西宁州改称西宁卫。
“行都司”是以军事为主、民政为辅的边防机构，明朝在全国设立了五个，陕西行都司主管河西走廊和河湟地区。
明朝名义上统治着西域、西藏等少数民族地区，但保留了元朝的土司制度，只要他们承认是明朝的藩属就行。
▲明朝的陕西行都司
清朝统一全国后，首先撤消陕西行都司和陕西布政司，合并为陕西省，然后在1667年即康熙六年，从陕西省分出甘肃省，兰州被划入甘肃并作为省会。
这次陕甘分家，使陕西省基本达到了现代的规模，甘肃省则比现代大一些，包括河西走廊、河湟地区和宁夏全境。
至此为止，西宁所在的河湟地区，行政上一直跟河西走廊绑在一起，属于中原文化圈范畴，并且是青藏高原最早设郡县的地区，已形成较大规模的城镇。
▲清朝陕甘分家
清朝在边疆采用驻扎大臣制度，分别在1724年和1728年设置了青海事务大臣、驻藏办事大臣（简称驻藏大臣），管辖青海和西藏两个地区。
考虑到青海地区有很大比例的蒙古人，和西藏的情况不尽相同。驻藏大臣的治所在西藏拉萨，青海事务大臣的治所却不在其辖区内，而在甘肃省的西宁。
▲青海办事大臣辖区（省级）的治所在甘肃西宁
因为青海地区几乎没有像样的城镇，距离青海最近的大城镇是西宁，虽然不在青海办事大臣辖区内，但相距不足100公里，与内地的联系也更方便，青海事务大臣的治所设在此仍能实施有效管理。
此外，河湟地区有山有河，有利于军事防御，显然更适合作为青海办事大臣的治所。
高原牧区所需的粮食、茶叶等物资，主要通过西宁及河湟输入，许多藏民和蒙古人尤其是不少部落首领，也常年居住在这里，西宁事实上已经担负起青海地区的行政和经济中心职能。
