8~10月间，石榴树往往萌发许多二次和三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，引起果实增大慢、着色不良，也引起内膛叶丛枝和短枝形成花芽和新结果母枝的减少。8~10月份正是果实迅速增大、上色和花芽形成的旺期。因此，秋剪的任务是：
（1）疏枝
与夏季要求相同，继续疏去密生、徒长和有病虫的枝条，使树冠呈“三稀三密”状态，树冠的投影光斑均匀分布，保证果实直接见光，内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽快。另外，还要疏去病虫果和病虫枝，并予以深埋或焚烧，以绝后患。
（2）采果后及落叶前进行根系修剪
10月中旬至11月份，果实采收后，叶片制造的光合产物，将全部输送到分化中花芽和叶芽，也输送到各级枝干和根系。一是促进花芽继续分化，保证翌年产量；二是促进根系生长，发出大量新根；三是在枝干和根系中贮存大量光合产物，以备越冬芽的分化和发育，并将其转化成可溶性糖类，以提高石榴树的越冬抗寒和抗旱能力。根系修剪是结合秋季深耕施肥进行的。在深耕和施肥时所切断的根上，可发生更多的新根，有利于吸收更多的水分和养分。
