传统方法是用稻草包住蒸过的大豆，将稻草在100度的开水中浸泡以灭菌，然后在40摄氏度的温度下放置一天。稻草上常见的枯草芽孢杆菌（纳豆）可以产生孢子。耐热性高，*菌过程不受破坏，高温培养速度还可以抑制其他细菌，使大豆发酵后产生浓稠的丝状物质。这种粘性外观主要来自成分中的谷氨酸。它是纳豆的美味来源。
在二十世纪后期，要获得高质量的秸秆并不容易，并且大多数秸秆已经以聚苯乙烯或纸制容器出售。因此，现代生产方法是使用蒸过的大豆和人工培养的纳豆细菌，然后将它们直接混合在容器中发酵。大豆以外的某些食品也可以制成纳豆。
并且，当做清酒时，如果未加工的米被纳豆细菌无意中污染，则其繁殖速度很快，将抑制酿造所需的酵母。纳豆不可在酿造的清酒场所食用，其他发酵食品也可能有类似情况。注意该过程。
纳豆细菌是弱酸性的，并且阻碍了乳酸菌产生乳酸。纳豆（纳豆）具有较弱的气味，已经在技术上进行了开发，但是由于使用了活力较低的纳豆菌株，因此很容易为其他细菌的繁殖创造空间。另外，纳豆细菌的天敌是可以寄生细菌的噬菌体病毒。噬菌体开始起作用后，它们会降低纳豆细菌的活性，并可能导致其他细菌开始繁殖。因此，应避免在保质期内食用纳豆。
