繁殖速度不对等
硝化作用两个阶段的微生物群体在养殖期间先后建立起来，由于第1阶段的氨氧化细菌繁殖速度比第2阶段的亚硝酸盐氧化细菌快。
先形成种群优势，导致前期亚硝酸盐大量积累，在养殖开始后的大概20-30天亚硝酸盐氧化细菌开始形成优势。
继而亚硝酸盐才开始被转化为无毒的硝酸盐，直到45-55天亚硝酸盐含量会降到很低。
养殖密度过大
养殖密度过大、浮游植物不足或天气急剧变化导致系统溶解氧下降，将出现有利于反硝化作用的条件。
当环境中同时出现能量物质不充足时，反硝化作用进行不彻底会造成亚硝酸盐的积累。
新建池塘
新建养殖池塘，由于挖去含微生物丰富的表层土，养殖初期池塘中有效微生物缺乏，会出现硝化细菌种群发展不平衡的现象;
另外，在池塘换水时过多的使用自来水、井水，也会造成亚硝化和硝化两种功能种群的不平衡，导致养殖初期亚硝酸盐的积累。
不过，当养殖系统中硝化细菌的两种功能种群发展平衡后，硝化作用就不会再导致亚硝酸盐积累。
因为硝化系统完善的养殖水体中，硝化细菌受环境因素的影响比氨氧化细菌要小，其转化亚硝酸盐的速度往往超过氨氧化细菌产生亚硝酸盐的速度。
生态处理法
培养或增加优质藻类，通过藻类对氨氮的吸收，使氨氮向亚盐的转化减少;
提高藻类浓度以吸收更多的硝酸盐，促进亚硝酸盐向硝酸盐转化，减少亚硝酸盐的积累。
微生态制剂
添加具有去除亚硝酸盐能力的微生态制剂：硝化细菌在有氧条件下可将亚硝酸盐转化为硝酸盐而被藻类利用，从而起到净化水质的作用。
自然界中硝化细菌广泛存在，但因其繁殖时间长(约20小时一个繁殖周期)限制了硝化细菌的应用效果。
建立硝化体系
在养殖前期，要创造条件促进硝化菌的生长建立起硝化体系。
除保证充足溶氧外，有研究表明，向模型体系中投加Mo元素(亚硝酸氧化酶的活性中心Mo-Fe-S蛋白)在一定程度上促进了硝化作用的进行。
缩短了亚硝酸盐积累所持续的时间，并加快了亚硝酸盐转化为硝酸盐的速度。
促进转化
在养殖密度过高或是养殖池塘溶氧比较低时，要创造反硝化细菌的适合生长条件，促进反硝化作用对氮的转化：
比如在养殖水体中投加能量物质(有机酸、乙醇等)能够促进反硝化作用的进行，但是能量物质一定要投放充足，
不然会导致反硝化作用进行的不彻底，仅能完成硝酸盐向亚硝酸盐的转化，亚硝酸盐无法进一步转化为N2，造成亚硝酸盐的过度积累。
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