时至今日，宝可梦系列动画已经出现了不少的反派组织。通常他们为了达到目的不择手段，破坏了宝可梦世界的秩序与和平。
火箭队队长：坂木老大
老牌犯罪组织，队标是一个红色字母“R”,小智一行人的死对头。在宝可梦世界的各个地区都有火箭队成员驻守，其中以武藏、小次郎、喵喵组成的三人组最为大家熟知（打了一辈子酱油）。表面上是一家大型上市公司，有着相当雄厚的财富。制造出大量的高科技装备和武器，目的是用来捕捉强大或稀有的宝可梦，从而利用它们来统治世界。
队长：赤焰松
陆地犯罪组织，队标是火山形状，海洋队的死对头。主要活动于丰缘地区。主张人类至上主义，认为宝可梦与人类共存会阻碍他们的发展。对超古代宝可梦固拉多有着很强的执念，目的是利用其扩大陆地面积，增加人类的生存领域。最后固拉多与盖欧卡的对决引发了巨大的生态灾难，熔岩队随之分崩离析。
队长：水梧桐
海洋犯罪组织，队标是类似于海贼的骷髅形状。与熔岩队一同登场于丰缘地区。主张保护宝可梦的繁衍栖息，认为自私的人类霸占了太多的陆地。海洋作为所有生命的起源，应该扩大海洋的面积，再次建立宝可梦的美好家园。由于与熔岩队的意见不合，遂利用靛蓝色宝珠召唤出超古代宝可梦盖欧卡。造成丰缘地区一片混乱，海洋队在这场混乱中也下落不明。
队长：赤日
十分神秘的犯罪组织，队标是一个金色字母“G”。登场于神奥地区，主张推翻现存的宝可梦世界，创造出一个属于自己的新的世界（话说，这不就是梦没睡醒么）。为了创造出新的空间领域和时间线，老大赤日来到天冠山的枪之柱（阿尔宙斯创造帝牙卢卡、帕路奇亚的圣地）召唤出时间之神帝牙卢卡和空间之神帕路奇亚。最后的结果毫无疑问是失败了，赤日也失去踪影。
