等离子队
队长：魁奇思
同火箭队一样是非常强大的犯罪组织，队标是一种类似凯乐符号（☧）的宗教符号。登场于合众地区，发扬宝可梦唯我主义，意思是将宝可梦与训练家分离开来，让其回归自然。并且到处进行传教，表面上是为了宝可梦着想，实质上是为了将宝可梦的力量为自己所用，达到统治人类的目的。曾利用光明石召唤出传说的龙宝可梦莱希拉姆，并用阿克罗玛的机器控制了它。
队长：弗拉达利
庞大的邪恶组织，队标是一团火苗的形状。登场于卡洛斯地区，弗拉达利想要减少宝可梦的数量，为世界减轻压力，从而创造一个更完美的世界。所以他在卡洛斯安*大量用来获取情报的眼线，包括卡洛斯地区高层。得知了传说宝可梦哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的能量可以启动武器，最后自食恶果被武器发射的能量射中。
队长：古兹马
专找麻烦的流氓组织，队标是骷髅头的形状。登场于阿罗拉地区。如果说别的反派都有自己的理想或愿望，那么骷髅队就是一群混混聚在一起捣乱。队长古兹马看不惯阿罗拉的传统，宝可梦的Z招式和Z手环在他眼里就是多余，宝可梦联盟更是没必要的存在。所以他带领着骷髅队四处搞破坏，抢夺他人宝可梦、在对战地方闹事等等。
队长：聂梓
朋克风的麻烦集团，队标是钉子组成字母“y”形状。成员由尖钉镇的训练家和居民组成。这里涉及一段兄妹情，呐喊队队长聂梓身为尖钉镇的道馆馆主，想要把馆主的位置传给妹妹玛俐。玛俐可爱的外表加上冷静成熟的作战方式吸引了一大批粉丝，多是尖钉镇的人们。这群人为了让玛俐当上联盟冠军，自愿组成呐喊队阻挠道馆挑战者。后来，玛俐也顺利接任了道馆馆主的位置。
