而且净化空调系统三级过滤的高效过滤器多设置在空调系统的末端，但是一般空调系统末端通常不会设置过滤装置，这一点应该引起刚进入净化行业的小伙伴注意。
3、室内压力的控制
一般空调系统对室内压力没有明显要求，而净化空调系统则对保持洁净室的压差具有明确规定。
净化区与非净化区一般至少保持10Pa左右的压差，不同等级的净化区也有严格的压差要求，这就要求净化空调必须采用一定的技术措施，从而对净化区的压差做出有效的控制。
同时压差的控制就又衍生出来一个空调系统自控的问题，自控系统涉及到的编程、执行器、通讯协议、PLC等等，又会成为洁净空调的一个重点、难点，一般情况下，净化暖通设计师是要懂得一些空调系统自动控制系统知识，据作者所知，在很多施工企业中，为了节省人员成本，净化项目的空调自控系统大多由暖通设计师完成。
4、气流组织方面
一般空调系统多采用低换风次数、高乱流度的气流组织方式，通过在室内形成较强的二次诱导气流或者涡旋，以到达对室内空气的温湿度控制，几乎不会考虑尘埃粒子的处理。
净化空调系统则与一般空调系统完全不同，净化空调为了保证达到所要求的洁净度，必须尽量限制和减少尘埃粒子的扩散飞扬，通过减少二次回流及旋涡，使尘埃粒子迅速排出室外。这也是净化空调系统的核心所在。
所以一般空调系统多采用顶送顶回的送回风方式，而净化空调系统则多采用顶送下回、顶送地板回的送回风方式。
5、换气次数方面
一般空调系统换气次数常在10次/h左右；而净化空调系统通常会根据不同的净化等级有严格的换气次数要求。
以医药洁净厂房设计规范为例：十万级洁净厂房多设计换气次数为15次/h，万级洁净厂房多设计换气次数为25次/h，千级洁净厂房多设计换气次数为50次/h，而百级区域则更为特殊，需要单向流面风速控制在0.20-0.45m/s之间。
换气次数的增大，也导致了净化空调系统能耗的增加，这也是科研工作者们可以重点研究的一个方向。
