香格里拉是高海拔地区，气候属温带和寒温带季风气候（河谷地区属北亚热带季风气候），年平均气温5.4度，年降雨量268—945毫米，无霜期129—197天。
春夏季是前往香格里拉旅游的最好季节，气温适中，草甸上繁花似锦，景致迷人。气候比较干燥，紫外线辐射强。
香格里拉市地处高海拔低纬度地带，气候随海拔升高而变化，依次出现六个气候带。属典型的“立体农业气候”，其气候特点为：
1.
季风气候受西南季风和南支西风急流的交替控制，干湿季节分明，6～10月阴雨天气多，雨量占全年降水量10～80%，形成湿季。11～5月晴天多，光照足，蒸发量大，雨量占全年降水量10～20%，形成旱季。
2.
立体气候县境内雪山耸立，河谷深遂，气候随海拔升高而发生变化，从海拔1503米的金沙江河谷到海拔5309米的哈巴雪山顶，依次有河谷北亚带、山地暖温带、山地温带、山地寒温带、高山亚寒带和高山寒带六个气候带。县气候幅宽、带窄形成“一山分四季”的典型立体气候。
3.
高原气候县境内处于偏北回归线3°25′，以大小中甸坝子为主的香格里拉高原，平均海拔3450米，一年四季太阳辐射能充裕，气温年较差小，全年无夏，平均温5.5℃。 但大气透明度高，太阳辐射强，白天增温剧烈，夜间降温快，气温日较差大，干季气温日较差可达30℃，可谓“一年无四季，一天有四季”。
4.
地形小气候香格里拉地势南低北高，南部迎南来暖湿气流，降水相对于丰富，气候湿润，北部则相对干燥。香格里拉地形结构复杂，各种气候类型相嵌交错，同一气候垂直带内又有森林气候，草原气候，湖盆气候等单个小地形气候，形成“隔里不同天”的气候特征。
