在池塘养殖过程中，如果饲料投入量大于池塘自净能力，必然引起池塘水体逐渐富营养化，可以说，绝大多数池塘水体养殖中后期都处于“营养过剩”状态。此外，饲料的营养组成是根据养殖对象设计的，不是根据池塘生态系统中健康藻类组成设计的，因此，对于池塘生态而言，水体的营养组成又往往处于不平衡状态。
一、蓝藻的危害
根据蓝藻的生物学特征，在“营养过剩”和“营养不平衡”条件下，蓝藻具有独特的生存生长优势。环境越是恶劣，蓝藻就越有优势。所以，如果池塘管理者不能很好地解决这两个问题，池塘滋生蓝藻就不可避免。
滋生蓝藻对池塘养殖的危害不仅仅是加速了养殖水体的老化速度、形成水华、阻断光合作用和隔绝空气中的氧向池塘水体扩散、大量死亡藻类的分解引起池塘严重缺氧、产生藻毒素和还原性毒性物质（如硫化氢）。其实，只要蓝藻滋生，即使池塘生态还没演化到水华形成，池塘生态系统还处于“正常”的情况下，蓝藻的危害已经开始了。蓝藻在生长过程中会合成一些致嗅物质（如引起土臭味的地霉素和2-甲基异2-茨醇以及引起泥腥味的2,4-庚二烯醛、2,4-癸二烯醛、2,6-壬二烯醛、2-辛烯醛、庚醛、己醛、壬醛等）在体内积累或分泌到水体中。鱼类摄食或接触这些物质就会产生比较强烈的异味——“泥腥味”或“鱼腥味”。
每年由于蓝藻引起异味而导致水产品质量降低甚至不能出塘（特别是加工成肉片的鱼类，如罗非鱼、叉尾鮰等）所造成的经济损失也许比由于蓝藻导致水质恶化所造成的损失更严重。所以，控制蓝藻的滋生远比控制蓝藻水华更为重要。当然，控制蓝藻滋生自然也就能够避免蓝藻水华。
怎么样才能避免滋生蓝藻？必须也只须破坏蓝藻具有优势的那些环境条件，使蓝藻不具任何优势，自然就能够维持池塘生态系统中藻类组成的多样性。
二、所谓“有益藻”或“有害藻”是相对的
池塘作为一个开放系统，其生态系统中包括藻类在内的生物组成是物竞天择的结果，谁适应，谁生存。因此，所谓的生态养殖，就是通过对环境条件的调节，达到抑制某些“有害生物”的生长，促进某些“有益生物”的生长，以维持池塘生态系统处于一个相对健康而稳定的状态。
但是，必须明白，所谓“有益藻”或“有害藻”是相对的。“生态”的本质是平衡，在一个平衡的生态系统里，任何生物的存在都是合理的，没有一种藻类叫“有益藻”，也没有一种藻类叫“有害藻”。
如果一个生态系统失去平衡，也就是说，某些藻类越来越多，而某些藻类越来越少。那些越来越多的藻类，多到一定程度就会引起麻烦（如蓝藻），我们就希望控制它们，*掉它们，这种藻类，我们就称为“有害藻类”；而那些越来越少的藻类，我们总希望它们多一些，甚至通过人为添加来提高它们的生物量，这种藻类（如小球藻），我们称为“有益藻类”。所以，对于一个具体的池塘，一种藻类是“有害”还是“有益”，取决于它在生态系统中是“过剩”，还是“不足”。
