作为动画的主线剧情，在万里发现自己曾经和琳达前辈的合照之后，动画巧妙的利用万里失去记忆后产生的里人格来叙述当年究竟发生了什么。我们现在称两个人格为新旧万里，高中时期琳达和万里是同班同学，面对万里的表白，琳达懦弱的举动造成了万里意外的发生。即使如此他也仍然的喜欢着琳达。但是反观新万里，他却喜欢上了香子。新万里表白心意之后被香子拒绝后，万里依然帮着香子，最终万里爆发了，香子也意识到了自己喜欢上了新万里，随即新万里和香子成为了情侣。
此时本部作品中的主要冲突出现了：旧万里还喜欢着琳达，而新万里喜欢上了香子。这也正是这部动画精彩的地方一个男主的两个人格和两个女主，动画中万里两个人格对于各自心爱之人的情感心意的描写可谓是相当细腻，二者的情感冲突也让动画变得更耐人寻味。不过此时动画的高潮部分即将到来。随着万里发现对琳达的感情时不时回归身体，故事继续开始，香子无意间发现了万里和琳达的合影，也撞见了在同一处地方打工的两人，不过好在两人的谈话化解了这次矛盾。
可是这却为之后的剧情做了伏笔。在故事的最后，旧万里逐渐回归，这加速了冲突发生的频率并且让新万里担心自己会被代替，他打算将戒指赠送给香子，不料香子却转身离去。因为香子认为万里现在和自己在一起感到了不安所以单方面的提出了分手。可是万里也清楚现在的情况，所以只能接受了分手。这也让万里陷入了迷茫，就在这时琳达的爆发点醒了万里。
这时故事的走向已经十分的明确了，琳达主动的做出了让步，现在主要的矛盾是万里的两个人格之间。而动画的处理也做的十分到位。随后他找到了香子，香子提出约定。万里恢复了记忆，忘记了大学这一年中各种事情，圣诞节后香子交给万里作为挚友的象征： 一面折叠镜。
这让万里想起了一切，在万里脑中，两个人格达成了一致，并且旧万里知道了琳达对于自己毕业那天的答复一直都是YES。万里追上了香子再一次拿出了那枚戒指，而这次，香子没有拒绝。到这里动画的剧情就全部结束了，虽然结局略显仓促，有的地方略显突兀，不过这样的结局也是圆了动画的名字吧，这样才能叫做青春纪行。本作在剧情安排上还算比较紧凑，根据每个人不同的性格剧情展开也十分合理，对于每一位角色的戏份安排的恰到好处，并没有出现剧情与角色身份不符的现象，最后也是happy ending。也算满足了大部分人对剧情的需求。
