16纲按照"从微至巨""从贱至贵"的原则排序，有水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人。
16纲下又分60目，例如草部又分山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草、有名未用等类。
《本草纲目》是怎样炼成的
李时珍的祖上是摇着铜铃走街串巷的铃医。铃医摇铃铛就是在告诉病家，医生来看病了，如果有病，赶快出来看病吧！因此铃铛就与医生结合在了一起，有了铃医的名号。古代的扁鹊、华佗等名医都是铃医。
李时珍从小就想做医生。但那时候奉行“万般皆下品，唯有读书高”的传统观念，医生地位低下，何况是铃医，更是得不到社会的尊重。父亲把光耀门庭的希望寄托在儿子李时珍的身上，早早把他送进私塾，读起了四书五经，练习作八股文。
李时珍是听话的，但就是考不上。于是父亲只好让他子承父业，当起了医生。虽说读书不在行，但是从小耳濡目染，在医术方面李时珍还是很有点天赋的。行医十几年，经验越来越丰富，医术也越来越高。
俗话说，千里马常有而伯乐不常有，大部分千里马只能在等待中骈死于槽枥之间。李时珍是幸运的，他遇到了伯乐，而且遇到两位。一位是楚王，把他带到了王府行医，让他一时间名声大噪。接着是当朝皇帝嘉靖，把他带到了医生的最高殿堂——太医院。
但是李时珍很快发现，这位伯乐需要的是一匹会飞的千里马。这位嘉靖皇帝不仅没病，还喜欢没病找病，整天琢磨着用毒药炼金丹，想修炼成神仙。
今日方知我是我
在日复一日的太医院生活中，李时珍开始重新审视这个他曾无限向往的地方，重新审视他自己的心。这一年，他三十五岁。从草根出身，直到身居高位，医过至高的天子，也救过贫寒的百姓。
思考过后，他有了答案。他带着一身学识回到了民间，回到了自己的初心。
他想起二十岁的他，染上了难缠的肺病差点丧命。当时的他曾立志：我所经历的痛苦与折磨，不想再让别人承受。他决定写一本囊括所有植物药材以及正确用法的书，这本书的名字叫做《本草纲目》。
他想起小时候，在自家后院里观赏着爸爸种的草药，总是很高兴。妈妈有时丢下手里的活儿，到后院里来收拾东西，会顺便陪伴他玩一会儿。这时候，李时珍就感到格外高兴。母亲在前面浇花，他就跟在母亲后面浇。浇一种花，小时珍就问一种：“妈妈，这种是什么啊？”母亲温柔地答道：“这是牡丹花。”
