《寒武纪》是一部暗黑悬疑和都市偶像两大截然不同题材结合的电视剧，这部剧主要讲述了一个暗潮汹涌的世界如何用爱来突破重围，破除黑暗，迎接阳光，打破死局的故事。故事背景主要是以南瞻岛为主，一个独立而又发达的南瞻部岛，它的黑暗势力盘根错节，生活在岛上的每个人背后都有着不为人知的身份，他们亦正亦邪，没有好坏之分，出了这座岛似乎和正常人没什么区别。
男主捡子他是秋门詹士礼的养子之一，戴上面具是秋门的神秘*手脸谱，揭下面具后就化身名为捡子的无害酒吧老板。男二李永基他是外表正义温暖的李警官，实则是暗黑势力的卧底，内心腹黑，他永远相信黑暗战胜黑暗。秋门集团詹士礼表面上是儒雅聪明掌管岛上经济命脉的企业家，实则是心狠手辣操控黑暗势力的老大。
岛上每个人都有着另一重身份，他们都在为自己的目的而伪装着，女主唐印看似与他们格格不入，实际上她是捡子养母的女儿。唐印的冒然闯入迅速将她卷入到黑暗斗争中，在这个纸醉金迷的南瞻部岛，她与黑暗同行，但爱也会带着她为黑暗世界引入光芒。
唐印偶然的一次闯入，她与警官李永基，秋门集团的继承人捡子从此陷入一场充斥着金钱、*甚至死亡的权力游戏中。在繁华渐欲迷人眼的南瞻部岛上唐印失去了好友沈可可，她的死揭露了所有人不为人知的一面。游船上的那次搏斗围堵，秋门编码器的失踪，沈可可的神秘失踪，大钟的死亡，神秘*手脸谱的出现，唐印被作为绑架人质，她的遭遇将她背后的暗黑势力和隐藏的危险在这一刻完全爆发出来。
唐印与捡子相识在一场搏斗中，脸谱将她救下就消失得无踪影，直到一次车内的情迷意乱中他们的关系更加不可收拾，唐印误会捡子是鸭子，将身上剩下的一点钱拿给捡子，捡子对她说会负责的。后来唐印就住在捡子开的酒吧里，他们与李永基一起调查沈可可的死亡与背后失踪的编码器。
沈可可的死警察怀疑是脸谱*害的，脸谱的神秘失踪与出现以及监控视频中看见脸谱对沈可可的要挟，警方一致认为脸谱就*害凶手。后来锁头的意外死亡让李永基觉得蹊跷，他从中得知捡子与锁头是兄弟，锁头是秋门集团的人，李永基怀疑起捡子，后来唐印被脸谱再次抓住，才打消捡子的嫌疑。
