企业给全体员工投保了补充医疗保险，是否应计入职工福利费支出并按工资14%的比例扣除，一直是许多企业及财务人员的没有厘清的问题题，现就此作出具体的解析。
一、《企业会计准则第9号―职工薪酬》的相关规定
根据（财会[2006]3号）规定，职工薪酬，是指企业为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出，很显然为全体员工交纳的补充医疗保险支出属企业职工薪酬的范围。
二、《企业所得税法实施条例》的相关规定
根据《企业所得税法实施条例》第三十四条规定， 企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。
前款所称工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。故在企业所得税上，为全体员工缴纳的补充医疗保险可以在企业所得税应纳税所得额前扣除。
三、财政部关于福利费的相关规定
《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》（ 财企[2009]242号）第一条规定，企业职工福利费是指企业为职工提供的除职工工资、奖金、津贴、纳入工资总额管理的补贴、职工教育经费、社会保险费和补充养老保险费(年金)、补充医疗保险费及住房公积金以外的福利待遇支出，包括发放给职工或为职工支付的以下各项现金补贴和非货币性集体福利。
根据上述规定，为全体员工缴纳的补充医疗保险不属于福利费的列支范围。
四、《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》的规定
根据（国税函[2009]3号）第三条规定，《实施条例》第四十条规定的企业职工福利费，包括以下内容：
(一)尚未实行分离办社会职能的企业，其内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门工作人员的工资薪金、社会保险费、住房公积金、劳务费等。
(二)为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。
(三)按照其他规定发生的其他职工福利费，包括丧葬补助费、抚恤费、安家费、探亲假路费等。
根据上述规定，企业缴纳的补充医疗保险费用，不受福利费在工资总额14%的标准内扣除的范畴内。
五、补充医疗保险的企业所得税的扣除办法
根据《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知（财税〔2009〕27号）》的规定：自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
六、结论
根据上述规定，无论是会计或是税务处理，为员工缴纳的补充医疗保险都不属于职工福利费支出。企业为全体员工支付的符合国家政策规定的补充医疗保险应作为工资薪金支出按规定标准在所得税前扣除。
企业为员工缴纳的补充医疗保险费用支出，应取得保险公司开具的增值税发票，分为两种情况：
第一、为补充医疗保险属代管账户性质，则服务费应开具专票，代管资金部分，应取得保险公司免税的普通发票，不可以收据代替发票。
第二、如补充医疗保险费秀属商业保险的性质，则保险公司应全额开具增值税专用发票，只是将服务费及保险费分开即可。
