id账号开头都是怎么样的,id账号填写顺序

首页 > 实用技巧 > 作者:YD1662023-05-14 20:29:07

写在前面

对于一个基因而言,我们经常使用的,同时在文章里面能看到的还是基因名。例如: TP53, RNF180。这样的名字,是这个基因功能 编号的简写。例如TP53就是Tumor Protein P53的简写,RNF180是Ring Finger Protein 180的简写。对于很多对基因进行记录的数据库而言,为了他们自己数据库记录的方便,对于每个基因都会进行自己数据库的唯一编号,这样就导致了一个基因形成了很多不同的编号(ID)。例如下图就是一个基因多个数据库的不同ID号。

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这也就导致经常在进行数据分析之前拿到手的关于基因的数据对于基因ID的注释可能不是我们想要的基因名,所以经常会就会需要进行ID转换。对于基因ID转换的主要目的还是转换为基因名,或者说转换成我们进行下一步分析的要求的ID号。

既然要讲一下ID转换,那首先还是要稍微的讲一下我们在一个基因可能存在哪些ID号,这样我们在碰到之后也知道这些是这样形式的ID来自于什么地方,这里我们就说一下常见的基因ID都是哪个数据库的。

Entrez Gene

有时候我们经常会碰到利用几个数字来代表基因的。例如下图的285671就代表RNF180。这种一般是数字代表基因的,最常见的就是Entrez Gene。对于这样的ID号,其实就是来自于ncbi里面的gene数据库。如果想要了解gene数据库的话,可以参考我们的第二条推送。

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关于gene数据库对于ID的注释。这个ID号只是代表基因。对于一个基因而言它会有不同的mRNA转录本,进一步的也会有不同的蛋白异构体。在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以NM和NP开头的。如果是NM的话则代表是转录本编号,如果是NP的话则是蛋白编号。

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另外,我们检索的这个基因是一个非编码的RNA(ncRNA)的话,那关于转录本的注释就从之前的NM开头变成了NR开头了。

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