（1）第一步对体系退火升温到指定温度：600K 800K 1000K 1200K 1400K。在每个温度下经行预平衡并进行40ps的AIMD模拟。
（2）第二步计算均方位移（Meansquare displacement, MSD ）：
MSD既可以计算三维运动，也可以只考察1D或2D的运动。VMD可以计算RMSD，即Root Mean square displacement，对其进行平方即可得到MSD。
（3）第三步计算扩散常数（diffusion coefficient），是MD模拟描述离子/分子迁移性质的重要参数，单位一般用cm2 s-1。MD求算扩散常数两种方法，常用的是Einstein公式，相当于MSD的斜率除以6。模拟时间越长计算就越准：另一种求算扩散常数的方法是基于速度自相关函数通过Green-Kubo关系得到D，但是不方便。
如下图是我还原的文献计算MSD并求斜率数据：
根据MSD的斜率，套公式可以得到不同温度下的扩散系数D，用logD对1000/T作图，再套公式可以得到扩散能垒，我计算的结果是Ea = 0.214 eV和Ceder的文献值0.21 eV完全吻合：
