食用菌菌种选育的目的是改良或改变菌种的特性，使其符合实际生产要求。菌种选育包括三个环节：一是使菌种产生变异；二是筛选出变异的菌株；三是使变异菌株的特性得到表达。目前常用的方法包括自然选育、杂交育种、诱变育种、原生质体融合育种等。
一、自然选育
自然选育是最古老、最简便、应用最广的选种方法，就是人工选择菌种自发产生的有益变异。食用菌在自然界中和人工栽培条件下，由于环境条件的变化会发生变异。人们就可从变异的个体中选择得到最佳生产力的菌株，特别是对菌株的菌丝生长速度、对环境的抵抗力、出菇早晚、产量高低、菇形大小、香味浓淡、苦味程度等各方面进行了详细的评比，最后评选出优良品种。
自然选育包括如下几个步骤。
1.在自然界采集野生菌株的子实体，或从人工栽培的食用菌中选择优良的子实体。
2.对采回的子实体进行组织分离，从而获得母种。
3.将母种扩大培养成原种和生产种。
4.实验室小型出菇试验。比较各菌株的菌丝生长情况及子实体性状，选出优良菌株。
5.小面积生产栽培试验。把上述选出的菌株进一步扩大栽培面积，再比较它们的性状，保留优良菌株，可供大面积推广使用。
只要我们经常注意菌种的选育，不断淘汰劣等菌株，选留优秀菌株，就能使生产丰收，质量稳定。
二、杂交育种
杂交育种是一种遗传物质在细胞水平上的*过程。从目前世界各国育种工作的现状来看，常规的杂交育种仍是食用菌育种中应用最广泛的手段。
杂交育种的一般步骤为：选择亲本→分离单孢→杂交配对→杂种鉴定→初筛→复筛→扩大试验→示范、推广。
株分别生长，当相邻两菌丝相遇时，如见到两边有明显的拮抗线，证明中间菌株为杂交菌株。
（3）出菇试验：把杂交菌株和亲本菌株一起做出菇试验，比较它们的各种遗传性状，挑出优良菌株，进一步进行复筛和扩大试验。
三、诱变育种
诱变育种是人为利用诱变剂诱导食用菌遗传因子发生突变，再从多种突变体中选出正突变菌株，即选出生长快速、营养要求低、出菇早、适应性强等性状的菌株的方法。诱变育种是获得优良食用菌菌株的常用手段。
诱变育种主要步骤：孢子悬浮液的制备→诱变剂处理→处理后的孢子悬浮液涂平板→平板培养→突变株分离→初筛→复筛→扩大试验→示范、推广。
诱变育种所用的诱变剂包括物理诱变剂和化学诱变剂。物理诱变剂种类很多，如紫外线、快中子、激光、超声波、x-射线、γ-射线等，常用的是紫外线、γ-射线。化学诱变剂有亚硝酸、硫酸二乙酯、亚硝基胍、盐酸氮芥、羟胺、秋水仙碱等。
四、原生质体融合育种
原生质体融合技术是指用脱壁酶处理将细胞壁除去，制成原生质体，再用聚乙二醇或其他融合剂促使原生质体发生融合，从而获得异核体或*合子。现介绍原生质体融合的步骤。
①标记菌株的筛选
选定两个亲本菌株，收集两个亲本菌株的担孢子，通过物理或化学诱变获得具有遗传标记的亲本菌株。采用的遗传标记一般以营养缺陷型和抗药性突变等遗传性状为标记。
②原生质体的制备
根据亲株菌丝特点，选择原生质体分离的适宜条件（包括菌龄、细胞壁溶解酶、渗透压稳定剂、酶解温度、酶解时间和pH值等），从菌丝分离出原生质体并加以纯化，最后将提纯的原生质体分别制备成原生质体悬浮液。
