▲卡斯提尔的伊莎贝拉和阿拉贡的费尔南多的婚姻使两国合二为一
此时整合了阿拉贡王国的卡斯提尔，已经以西班牙的身份成为欧洲最富有、最强大的帝国。若此时与西班牙联合，对外，葡萄牙的殖民地可以得到当时世界上最强大的陆、海军的保护，减轻英、法等国的威胁。
对内，葡萄牙也能获取到急需的金属、粮食等原料产品。因此在1580年西班牙国王菲利普二世的军队开进葡萄牙的时候，几乎没有遭到任何有效的抵抗就占领了葡萄牙全境，整个伊比利亚半岛纳入西班牙的领土之中。
▲伊比利亚联盟的庞大疆域
“没有永远的朋友，也没有永远的敌人，只有永远的利益”，这句话在伊比利亚半岛也同样适用。曾经的好朋友英格兰，在陆地上，失去了在欧洲大陆上的所有领地；而海洋霸权也被西班牙牢牢地握在手中。
甚至是英格兰人的本土，都在西班牙无敌舰队的威胁之下。自身难保的英格兰对葡萄牙而言自然是失去了作用，那么葡萄牙贵族在这一次的危机中选择投向西班牙，也就在情理之中了。
四、像油和水一样不可调和
1580年西班牙对葡萄牙的占领，似乎让伊比利亚半岛的统一看起来成了一件顺水推舟的事情，毕竟卡斯提尔和阿拉贡、纳瓦拉都是通过一个国王同时兼任数国国王的方式，成为一个统一国家的。
▲西班牙国徽，上面有卡斯提尔、莱昂、阿拉贡和纳瓦拉四个王国的徽章
但有一个重要的因素不能被忽略，此时的西班牙还是一个中世纪传统的封建制国家，国家是由各级封建领主构成的，人们效忠的是自己的领主而非国家本身。
当卡斯提尔人取得了阿拉贡和纳瓦拉的王位之后，只要能控制住高级的封建领主，对阿拉贡和纳瓦拉的统治就是稳固的。
但葡萄牙则更像是一个早期的民族国家，中下层人民普遍对葡萄牙这个国家有着强烈的归属感，而对外来的西班牙国王没有什么感情。城市的快速发展也打破了原来的封建体系，市民阶层崛起使得普通民众在国家事务中也有了一定的话语权。这种根本上的差别，使得葡萄牙和西班牙的就像油和水一样，从根本上就无法调和。
另一方面，并入西班牙也没能带给葡萄牙多少实质上的好处，首先要面对的就是社会的撕裂。贵族们全力靠拢卡斯提尔，在宫廷中开始使用卡斯提尔化的葡萄牙语，但在民间的民歌中，卡斯提尔人更多的还是被称作强盗和入侵者。
而在更为实际的社会经济层面，成为西班牙的一部分不仅没能帮助葡萄牙解决经济问题，甚至因为西班牙白银的大量流入进一步加剧了通货膨胀。与此同时葡萄牙也被西班牙拖入了八十年战争和三十年战争之中，葡萄牙因为这两场与自己毫无关联的战争又背上了沉重的经济负担。
▲席卷全欧的三十年战争
西班牙在葡萄牙的统治措施损害到了葡萄牙贵族的利益，导致这些原本亲卡斯提尔的贵族们开始谋求葡萄牙的独立，最终导致了1640年葡萄牙复国运动的爆发。
贵族们在市民的支持下赶走了西班牙派来的总督，推举布拉干萨公爵成为新的葡萄牙国王。深陷对外战争的西班牙无力镇压葡萄牙的反抗，被强行统一了60年的葡萄牙重新取得了独立。
