在这样的背景下，西班牙终于找到了一个机会，来实现对葡萄牙的统治和吞并。这个机会就是1580年葡萄牙王位危机。
葡萄牙的国王塞巴斯蒂安一世在1578年率军参加了摩洛哥的阿尔卡塞尔之战，结果全军覆没，自己也战死沙场，没有留下任何后嗣。这导致了葡萄牙王位的空缺，引发了一场王位继承的争夺战。
最有资格继承王位的是葡萄牙的摄政王卡迪纳尔亨利，但他已经是一位老年的神职人员，没有结婚生子，也没有任何野心。他在1580年去世后，葡萄牙王位的合法继承人有多达二十五位，其中最有力的竞争者是西班牙的国王菲利普二世。
菲利普二世是葡萄牙国王曼努埃尔一世的孙子，他声称自己是葡萄牙王位的最近亲属，他也有着强大的军事和经济实力，以及广泛的国际影响力。
他向葡萄牙的贵族和民众发出了一封信，承诺如果他能够继承葡萄牙王位，他会尊重葡萄牙的法律、习俗、特权和自由，不会干涉葡萄牙的内政，也不会将葡萄牙的财富转移到西班牙。
他还表示，他会保护葡萄牙的海外殖民地，不会让它们受到英国和荷兰等国的侵犯。他的信得到了一些葡萄牙的贵族和商人的支持，他们认为与西班牙联合，可以使葡萄牙享受到西班牙的繁荣和安全，也可以避免国内的混乱和战争。
然而，并不是所有的葡萄牙人都相信菲利普二世的诺言，也不是所有的葡萄牙人都愿意放弃自己的独立和主权。有一些葡萄牙的贵族和民众，坚决反对菲利普二世的继承，他们认为他是一个野心勃勃的暴君，他的目的是要消灭葡萄牙的国家和民族，他的承诺是一种欺骗和诱惑，他的统治是一种压迫和剥削。他们支持另一位王位继承人，他就是安东尼奥，葡萄牙国王曼努埃尔一世的私生子，他虽然没有菲利普二世的血统和实力，但他有着葡萄牙人的心和魂，他愿意为葡萄牙的独立和荣耀而战。
于是，葡萄牙爆发了一场内战，一方是支持菲利普二世的亲西派，另一方是支持安东尼奥的抗西派。这场内战的结果是，菲利普二世的军队在1580年的阿尔坎塔拉之战中，击败了安东尼奥的军队，占领了葡萄牙的首都里斯本，迫使安东尼奥逃往英国。菲利普二世随后在里斯本举行了加冕仪式，宣布自己为葡萄牙的国王，开始了对葡萄牙的联合和统治。这一统治持续了六十年，直到1640年，葡萄牙人再次发起了一场反抗运动，成功地摆脱了西班牙的控制，恢复了自己的独立和主权。
