东晋永和三年（347年），灭成汉，分巴西郡置宕渠郡，并领有宣汉、汉兴（即汉昌）、宕渠县三县。
刘宋永初年间（420年～422年），升宕渠郡宣汉县为巴渠郡，辖宣汉、始兴、巴渠、东关、新安、下蒲、晋兴七县。
南梁大同二年（536年），废巴渠郡置万州，辖开巴郡、新安郡、万荣郡、东关郡等七郡。
西魏魏废帝二年（553年），以万州居四达之地，改万州为通州。
隋大业三年（607年），通州改为通川郡。辖通川县、永穆县、三冈县、石鼓县、东乡县、宣汉县、新宁县、巴渠县、阆英县9县。
唐武德元年（618年）复名通州。三年（620），升为总管府，府领（通州、开州、万州、渠州、南并州、南石州、南邻州）七州辖二十七县。武德七年，改总管府为都督府。都督府领（增加邻州、蓬州）九州辖三十六县。 [12]
唐贞观五年（631年），废都督府。天宝元年（712年），改通州为通川郡。天宝元年（742年），改通州为通川郡，户四万七百四十三，口十一万八百四。辖九县：通川，永穆，三冈，石鼓，东乡，宣汉，新宁，巴渠，阆英。乾元元年（758）复名通州。
