作为一个在政界叱咤风云的政治家，邱毅也像许多出入政界的工作者一样，平日工作十分繁忙，尤其是作为公众人物，邱毅的生活中几乎没有休息日。
与此同时，他也在尽力扮演好一个父亲的角色，邱毅有三个孩子，是他与前妻谢京叡所生。
在邱毅的采访中，他不止一次提到自己的孩子，即便工作再忙，周日也一定要回家。
在邱毅与小12岁娇妻离婚后，这三个孩子就成了邱毅唯一的精神寄托，邱毅甚至曾经直言，愿意为了自己的家庭而退出政界。
在外界眼中，邱毅活得像一个侠客一样，生活在政治氛围诡谲的政坛，但一旦提及家庭，邱毅似乎总是十分多愁善感，前妻谢京叡和三个孩子是一直邱毅心中最软弱的一处。
2005年，邱毅与妻子谢京叡离婚，他曾经在节目中提及，“当妻子离开他的那一天，他对于生命已经没有眷恋，所以对他来说如果揭弊会给他招致*身之祸，那可能也会是一个他所希望的结果。”
因为与前妻离异，他们的三个孩子由二人轮流照顾，周一到周四由邱毅照顾，周五至周日则将三个孩子送到前妻家里。
据邱毅所说，由于工作原因，他几乎每周都会来往于台湾和大陆，但通常都是周五来到大陆，周日就一定要回去台湾。
尽管邱毅是坚定的亲大陆派，他的主要工作还是集中在台湾政界中，不过邱毅却直言，自己赶回台湾并非因为工作原因：“为什么我非要在周日回到台湾，并不是说因为这边的事情有多忙，有多重要，只是因为我寂寞，我对我的孩子们有情感上的依赖”。
与妻子分开之后，对于邱毅来说，孩子就成为他们二人唯一能够有牵扯的情感联结。
