对于孩子，他倾尽其能给予一切父爱，与此同时，孩子也成为邱毅精神上的依靠。
“他们不在，我晚上睡不着觉”，很难相信，一个在政界摸爬滚打了这么多年的邱毅会说出这样的话，现在，只要是儿女在的地方，就是邱毅的家。
在和孩子的相处上，邱毅表现出了极为强烈的缺乏安全感和感到寂寞，除了前妻的影响之外，也有人认为这是源于邱毅“灰暗”的童年。
邱毅的父亲是从日本殖民侵略的台湾时代成长起来的，但他本人并不愿意屈服接受日本人的奴化教育，在当时私渡到内陆的厦门、漳州一带求学，到抗日战争胜利之后才又回到台湾。
也许是因为生活在战争年代被压迫、被剥削的这一段经历，邱毅的父亲对邱毅的管教尤其严格，不允许他谈论和涉足政治，连阅读的书籍都要严格筛选，稍微表现出自己的意志就要遭受父母的打骂。
受到来自父亲教育思想的影响，邱毅在对待孩子的时候采用“几近于一种漫无章法的溺爱”。
邱毅对待孩子的这种态度，不仅在外界看来十分匪夷所思，就连他的妻子也无法理解。
在某种程度上来说，邱毅认为他与孩子是相互依靠的，他们除了父子的关系，还可以成为朋友。
他对孩子的溺爱不仅体现在物质生活方面的无条件满足，也表现在精神方面的支持。
据说，邱毅的大女儿在台湾大学就读期间，遭到了当地台独势力的排挤和攻击，邱毅听说之后，直接建议女儿退学，让女儿到美国去读书。
除此之外，邱毅还适时地给女儿精神上的宽慰：“等你读完回来之后，老爸就给你开一所学校，让你当校长，到时候把这些欺负你的人都请过来当老师，每天折磨他们。”
尽管在外界看来，邱毅对待孩子的方式有些任性，但作为父亲，邱毅无疑是成功的，他的三个孩子都得到了很好的教育，知书达理，十分有教养。
邱毅认为，父亲最大的功能就是作为孩子们背后的一堵墙，无论什么时候都可以依靠，而孩子们对于他来说意味也是如此。
