因为萨迦派采用血统传承和法统传承两种传承方式。贡却杰布圆寂之后，他的儿子贡噶宁布主持萨迦寺，重又扩建了北寺。
后来，随着教派影响力越来越大，历代萨迦法王又先后在山坡上扩建萨迦北寺，增建了不少建筑，形成了逶迤重叠的萨迦北寺建筑群。
公元1268年，昆氏家族的子孙八思巴 ，主持修建了萨迦南寺。
多提一句，这位八思巴很神奇，曾被元朝皇帝忽必烈奉为国师，1270年又被晋封为“帝师”、“大宝法王”。传说，八思巴3岁就会口诵真言、心咒修法，大家都感觉很神奇，于是纷纷称其为“八思巴”，即藏语中“圣者”的意思。
一度，萨迦寺与布达拉宫、桑耶寺齐名，都是庙宇宏伟、布局紧凑，信徒众多。
