不过这时他的兵力已越来越成问题：在战争形势的发展过程中巴拉圭军队人员早已损失惨重。小洛佩斯不得不用强迫手段逼迫人民参加战争：他把应征者的年龄下调到12岁，甚至连10岁的男孩也可以志愿入伍，8岁的孩子也戴上假胡须跟成年人一起作战。这样的游击战一直持续到1870年小洛佩斯死于乱军之中。这场战争几乎彻底毁掉了巴拉圭这个昔日的南美强国：战败后的巴拉圭损失了15.4万平方公里的领土，剩下的领土也被巴西、阿根廷、乌拉圭三国长期管制。
这场波及巴拉圭全境的战争令整个巴拉圭变成了一片焦土废墟：昔日千辛万苦从欧洲引进的工业、农业设施在战争中被破坏殆尽。与此同时全国人口由52万骤降到22万。巴拉圭的男性人口一度锐减到不足3万人。战后的巴拉圭为缓解男女比例严重失调的难题只好默许民间实行“一夫多妻”制。巴拉圭的邻国玻利维亚在一定程度上有着与巴拉圭相似的命运：曾几何时玻利维亚也曾是南美地区的一个大国，然而却在与智利的战争中失去了全部出海口。
后来玻利维亚又被巴西用三千多平方公里土地巧取豪夺换走了19.1万平方公里的阿克里地区。玻利维亚在失去唯一的出海口与盛产橡胶的阿克里地区后经济发展受到了相当的制约。这时玻利维亚的目光投向了查科地区——这里位于巴拉圭河以西、安第斯山脉以东，亚马逊盆地以南，潘帕斯草原以北，面积约65万平方公里，但人烟稀少、缺乏物产。当时玻利维亚和巴拉圭围绕查科地区北部约26万平方公里土地的归属问题一直存在争议。
这时的巴拉圭早已不是昔日那个南美强国了。当时巴拉圭只有3000人左右的部队，而玻利维亚军队超过万人。玻利维亚还得到了美孚石油公司的巨额贷款并向英美等国购买了包括坦克、飞机在内的大批新式武器，而当时每7名巴拉圭士兵才能分到1支被阿根廷淘汰的毛瑟枪。1932年6月15日玻利维亚出兵占领了北查科荒漠中的巴军要塞皮蒂安图塔和博克龙。玻利维亚与巴拉圭之间的查科战争由此爆发。到战争结束时玻利维亚付出了死亡6万人的代价，然而最终却以签订和约的形式结束了这场战争。
