虽然助熔剂法合成祖母绿可以形成很好的外形，但是在结构特征中与天然祖母绿有较大的区别，整体上看，助熔剂法生长的祖母绿也会形成符合祖母绿对称的色带特征，但是要注意，祖母绿在生长的过程中，优先形成与籽晶相关的色带，围绕籽晶有规律的分布，而在生长后期过渡为六边形状的平直色带特征，因此在使用色带对祖母绿进行鉴定时，需要注意区分早期与晚期的色带性质，以避免混淆。
另外，部分合成祖母绿在越靠近籽晶的位置，颜色越深，靠近边缘的位置颜色往往较浅甚至为无色，有些晶体可能会出现周期性的重复，与晶体的多次生长有关。
在生长结束的末期，若助溶剂中各种组分的过饱和度不够，合成祖母绿会开始发生溶解，在晶体的边缘位置出现不规则的生长特征，呈现Z字形，这样的生长结构特征与不稳定的生长条件有关。
而对于原石的观察，通常能够见到平行于地面以及平行于柱面的色带特征，这一点与天然祖母绿有着较大的差异，另外，对于一些使用贵金属悬挂籽晶的合成方法，可以观察到贵金属（例如铂金）的存在。
