下图为Nacken合成的祖母绿中常见的管状包裹体，内部充填的是透明或者完全不透明的助熔剂残余，常平行于C轴呈锥状分布，可见收缩气泡；有时会在较宽的一端出现具有双折射的晶体包裹体，该类包裹体通常出现在晶体与籽晶的界面附近，晶体虽然具有双折射，但是与寄主祖母绿相近，因此需要在正交偏光镜下仔细观察才可观察到。另外，面纱状助熔剂残余也属于常见的包裹体类型之一。
部分生产厂商在合成祖母绿时会使用到籽晶，由于该方法合成的祖母绿晶体通常具有较小的尺寸，因此通常将籽晶残留在成品当中，在镜下观察可见籽晶片的残余，但是，这些籽晶由于尺寸相对较小，多为1-2mm，很少会大于5mm，因此较难观察，尤其是在一些尺寸较大，或者内含物较多的晶体中。不过通过浸液观察中尤为明显，以及与之相关的生长结构特征，下图中的无色部分即为形状不规则的籽晶。
有些籽晶使用的是天然祖母绿或者颜色相对较深的绿柱石，与合成祖母绿具有相近的颜色，因此较难发现，下图为Nacken合成祖母绿中的深绿色的核心，同样为籽晶。
在合成祖母绿的过程中，需要添加的原料包括BeO、SiO2和Al2O3，但是，祖母绿、硅铍石的稳定范围是相互重叠的，因此，当祖母绿的生长环境发生变化时，容易导致硅铍石的形成，进而被捕获进入到合成祖母绿的内部形成包裹体。下图中的蜘蛛网状的包裹体为硅铍石集合体（Lennix），放大100倍。
