二代中，我们游戏中的主角小萝卜长大了，我们的背景故事也从被动抵挡外星人变成了主动前往世界探索。不过在它驾船路过北极海域时轮船触礁沉没了，当它逃到了北极的地面上时，发现周围出现了很多小怪，因此又一波防止自己被啃的剧情再度上演。
相较于一代的“纯休闲”玩法来说，二代稍微增加了一些提高难度的设定，比如每关都会拥有特殊任务，满足一些喜欢挑战的玩家。
但对于被休闲二字吸引过来的玩家来说，这个额外的特殊任务就成了一根心头的刺，你强行完成的话，反而让原本用来解压的游戏成了一个压力怪，搁哪儿哪不舒服。
当然，综合而言《保卫萝卜2》依旧不失为一款优秀的作品，它更好地同时照顾了休闲玩家和塔防爱好者的体验。《保卫萝卜2》在延续了前作精髓的同时，加入了像双入口等设定，可玩性大大提高。
2016年6月16日，系列第三代作品《保卫萝卜3》推出，这也是首次在飞鱼科技研发后却改为让腾讯独家代理发行的一代。系列第三代讲述了阿波为寻找抵御怪物的炮塔进入城市，在危机四伏的城市里抵御怪物的故事。
也正是这一代，成为了系列争议最大，口碑最一般的一作。当然，并不是游戏的质量有多差，游戏从画风到玩法变化并不会很大。
但由于腾讯代理运营的关系，游戏为了契合鹅厂的运营理念，在制作到一半重新回炉制作，并将原本的单机玩法变为了主打强联网的社交游戏。抽卡机制的加入也让原本休闲的单机过关变为了到处充满竞争意味的联机游戏。
