大航海时期，欧洲殖民者陆续到东南亚掠夺地盘，其中就包括荷兰与英国，经过一系列的斗争与妥协之后，最终形成的格局是英国占据马来半岛、新加坡和加里曼丹岛北部，而荷兰则控制剩余的东印度群岛地区。不过此时的东马与西马没有任何关系，不过是受同一个宗主国控制的不同区域而已，甚至东马自身也不是一个统一整体，而是分为砂拉越和沙巴两部分。
1941年，日本实施南方作战计划之后，英属东南亚与荷属东印度相继沦陷，英国和荷兰的势力暂时退出这片区域。不过日本的统治非常短暂，四年之后，英荷两国再度卷土重来，但殖民地的民族觉醒却一发不可收拾，东马与西马独立的呼声此起彼伏。眼见阻挡不了历史大势，英国便在1957年同意西马十一州组成马来亚联合邦，位于东马的砂拉越和沙巴则在1963年获得自治地位。
马来亚联合邦、新加坡、砂拉越和沙巴打算延续英国统治时期的格局，增强实力，组成一个国家。1963年9月16日，英国与上述四地签署《马来西亚协议》，一个崭新的马来西亚联邦成立，这一天也被称为“马来西亚日”。不过由于政见不合，新加坡于两年之后退出联邦，马来西亚东西二马并立的局面没有改变。
由于是人为“拼凑”在一起的国家，东马与西马在此后走上了完全不同的发展道路。西马在中南半岛上，与东亚大陆连在一起，又邻马六甲海峡，在政治、经济和文化领域拥有着与生俱来的优势。而东马在地理上欠缺得多，除了资源丰富，各方面相对西马都略显逊色。
