在活跃站点附近的一组非极性残基（Leu 167 、Phe 251 、Leu 294 和Trp 297 ）由螺旋域形成的疏水口袋贡陷，与其带电荷的残基相邻。Leu 294 和Trp 297 在螺旋8连续旋转中发现，而Phe 251 是由扩展的"7-8"螺旋贡献的。
Leu 167 在其他APH酶中通常不位于活跃站点，但在APK中形成一个环路，与Trp 297 相邻。Leu 294 和Trp 297 类似于细菌胆碱激酶Lica中的Phe 251 和Trp 254 ，它们��胆碱���甜菜碱�基团��甲基�修饰相互作用。
在APK中，这个疏水口袋被优化以包裹底物��甲基�基团。低亲和力强调了与甲基基团的相互作用的重要性，其结合常数为每小时190μM。
在一个完整序列数据库的子集中，寻找与APK相似的蛋白质。在大量蛋白质中发现了许多与APK具有高度保守性的氨基酸，其中一些蛋白质与APK具有较高的序列相似性。
对这些蛋白质进行了分类和集群，发现在一个大的集群中包含了放射性细菌和蛋白杆菌序列，这个集群显示了APK与其他蛋白质的紧密功能联系。
放射性细菌和蛋白杆菌序列聚集在一起，形成一个双核的集群，并与一些较小的集群分开。在这个集群中，APK紧密相关的氨基转移酶基因，之间存在紧密的功能联系。这些蛋白质与其他与类似链链分子降解相关的蛋白质有强烈的共发现率。
