游戏中的交易品种类繁多，按照不同的特性可衍生出普通交易品、星级品、流行品以及特产品四个概念，流行品是四代新增的概念，当一种交易品变为当地的流行品后，其物价指数便会开始飙升，若玩家正好于此期间卖出流行品不仅可以大赚一笔，还有可能得到用来强行提升港口占有率的介绍信和推荐信，这也使得很多玩家更热衷于手动制造流行品，尽管商业系统变得更加完善，但本作赚钱的难度却堪称历代最低，即便不去考虑品牌商品、原产物，流行品等杂七杂八的因素，只要玩家卖的是当前港口没有的货物就能赚钱，因此四代基本不怎么缺钱，最多就是赚多赚少的区别，这一点在当年难免让一些老玩家觉得有“侮辱智商”之嫌。
《大航海时代4》进一步优化了船只管理系统，以可视化的甲板界面将各种功能整合到了一起，在甲板界面下船只被分为不同的模块，只要将符合能力要求的航海士放入其中，便能激活对应的功能，在游戏的过程中可随时前往造船厂，对船只的模块进行调整和改造，从而让玩家拥有更多权限来打造一支属于自己风格的舰队，在后来发售的《威力加强版》中，还贴心地设计了快捷调整功能，无论玩家是想跑商、探索还是战斗，全都可以一键自动调整人员配置，在航行过程中时不时打开甲板界面，看看有没有偷懒的船员，由船长对他们训斥一番，也别有一番乐趣。
冒险是本作玩法的核心所在，和系列以往的主角不同，四代的主人公不仅是一名航海家，更是一个势力的领头羊，每片海域从一开始便存在至少两股势力，玩家每到一片新的区域，都需要和盘踞在当地的势力们打交道，或是合纵连横，或是兵戎相见，最终成为该区域的头号势力，这就使得本作不再是一场单纯以冒险和探索为主题的航海之旅，而更像是一出由七位主角以及NPC势力共同出演的群雄争霸剧，玩家的目标也不再像是前作那样把声望提升上去就行，而是成为统治七海的霸者，想要成为霸者，核心便是取得霸者之证。
火遍全球的超人气漫画《海贼王》，讲述了主角路飞一行人追寻大秘宝“One Piece”的故事，而在与《海贼王》动画几乎同期的《大航海时代4》中，其实也有与One Piece类似的物品，它们被称为霸者之证，无论玩家选择哪位主角、采用何种玩法，最后想要通关的话都必须及其七个象征着这片海域霸主地位的宝物“霸者之证”。
这些从上古时期流传下来的宝藏平均分布在各个海域，因此带有鲜明的地域特征，作为一个硬性通关条件，霸者之证的收集在游戏的初版和后来的版本间有很大的区别，初版的霸者之证一般藏在固定地点，玩家在得到地图后只需按图所记即可完成收集，而到了PS版以及后来的威力加强版则有一套相对固定的流程，首先玩家需要成为一片海域的头号势力，然后便可触发与霸者之证有关的线索，这些线索或指引玩家得到两件宝物，在达成一定的条件的情况下，便能将这两件宝物进行组合，从而得到一张指向霸者之证所在处的藏宝图，如此才能在中找到霸者之证。
