不过接下来于1994年登场的《超级银河战士》绝对是一款足以影响游戏历史的不朽神作。她不仅仅是《银河战士》系列里最经典的一部，更是被众多的游戏迷们封为2D动作游戏无法逾越的巅峰。承接前作，萨姆斯将小密特罗德送到银河联邦空间站后不久，空间站就遭到了以利德雷为首的宇宙海盗的袭击。小密特罗德被抢走，于是为了夺回小密特罗德并彻底消灭宇宙海盗，萨姆斯再次来到了ZEBES星球。然而当萨姆斯到达后发现，之前明明已经被消灭干净的密特罗德再次大量现身，这也让萨姆斯感到非常奇怪。直到萨姆斯遇到了已经完全长大的小密特罗德，才知道想必宇宙海盗夺取它的目的就是为了复制更多的密特罗德吧！于是萨姆斯继续深入敌人巢穴，和宇宙海盗的最终BOSS母脑发生战斗，但是巨大的母脑打得萨姆斯毫无还手之力。危急时刻，小密特罗德显身吸收了母脑的能量并将能量转化给了萨姆斯。然而再次复苏后的母脑，偷袭小密特罗德并将它*死。拥有了更强能力的萨姆斯看着眼前发生的一切彻底暴走，以近乎碾压的实力将母脑摧毁。可以说《超级银河战士》不仅拥有着极为出色的剧情，并且超任主机绚丽的2D画面让游戏的场景氛围异常丰富。并且战斗系统比起前两作也不可同日而语，绝对是超任平台最不容错过的游戏之一。与游戏素质形成强烈对比的则是142万的累计销量，任天堂高层也评估这个题材也许并不受到年轻玩家的喜爱《银河战士》就此打入冷宫。
直到八年后发售的《银河战士融合》，让这个曾经站在2D游戏之巅的系列再次来到了玩家们的面前。这次的平台来到了任天堂当时最炙手可热的掌机GBA。在经历了前几次的大战后SR388出现了一种“全新”生物病毒寄生体X。这是一种极为危险的病毒，而密特罗德正是X的天敌，然而当密特罗德被消灭后，没有了天敌的X开始大量繁殖，执行任务的萨姆斯也被感染，并失去意识。索性及时赶到的银河联邦医疗组将从密特罗德提取的疫苗注入萨姆斯体内保住了她的生命。这次意外使得萨姆斯的能量装甲与身体永远的和密特罗德融合在了一起。重生后的萨姆斯前往空间站，遇到了大量X的拟态生物，它们甚至模拟了萨姆斯的最强形态的X-SA。拟态体X-SA的追*也让本作充满了紧张与惊悚感，最终在萨姆斯的努力下终于消灭了X，空间站连同病毒体X一同撞向了SR388，X的危机终于解除。GBA平台的《银河战士融合》在整体难度与操作上都进行了一定的简化对新人来说更加友好，而大量萨姆斯的内心独白也让玩家们可以更深入的了解这名超级战士的精神世界。《融合》155万的销量依然只能说不过不失。
然而同年发售的《银河战士Prime》绝对是一部可以和《超级银河战士》相提并论的系列“神作”。随着3D游戏发展，任天堂也将更多的精力放在自家IP的3D化工作上。《超级马力欧64》、《塞尔达传说时之笛》都取得了超高的口碑。而《光环》、《半条命》等FPS游戏的火爆也让任天堂急需一款自己的第一人称射击游戏。临危受命的RETRO工作室承担起了这个大任。最初谁都不看好《银河战士》3D化的转型，一方面是对当时还名不见经传的RETRO工作室实力的不认可，另一方面就是很多系列的老粉丝并不能接受3D化的《银河战士》。然而当《银河战士Prime》发售后，一切的质疑声也都烟消云散。RETRO工作室并没有简单的将该作制作成为一款披着《银河战士》皮的突突突游戏，甚至通过锁定键弱化射击部分。而是依然保持了系列解谜探索的核心机制，3D化后的游戏展现出一个瑰丽神奇的外星世界大大加强了玩家的代入感。GAMESPOT也将该作评选为“2002年的年度游戏”。《银河战士PRIME1》的故事发生在系列的1代与2代之间，讲述萨姆斯前往一个全新的星球（TallonIV）继续与宇宙海盗战斗的故事。283万的系列最高销量不仅让RETRO工作室名声大噪，更重要的是为处于转型期的《银河战士》造就了一个全新的3D化玩法的《PRIME》系列。
两年后《银河战士PRIME2》继续登录NGC主机，这次萨姆斯来到以太星球和宇宙海盗战斗，游戏引入了光明与黑暗两个世界。虽然游戏的质量依旧可圈可点但是销量却惨遭腰斩129万，《银河战士》又被安上了叫好不叫座的头衔。
索性任天堂这次没有让粉丝们等太久，2007年《银河战士PRIME3》来到他们的新主机Wii身上，RETRO工作室针对Wii的特性加入了不少体感操作。并且游戏的舞台来到了多颗星球，大大提升了《银河战士PRIME3》的探索空间。不过可能是Wii主机偏轻量化的定位，使得该作的市场依然反响平平只取得了180万的销量。
