不过，游戏的故事背景是按照原著小说设定的，地点也从日本转移到了美国纽约。 主人公阿雅·布雷亚是纽约的一名女警官。
有一天，在看歌剧时，歌剧院内发生了一起人体自燃的离奇事件。 以此为契机，阿雅开始调查整个事件。 游戏过程中，你会遇到线粒体进化产生的各种怪物。
在调查过程中，阿雅发现自己拥有一种特殊的体质，可以控制自己的线粒体避免自燃，还可以激发自己强大的力量。
线粒体的力量就像普通角色扮演游戏中的魔法一样，提供各种支持、治疗和攻击能力
随着调查的深入，阿雅也发现整个事件与阿雅死去的妹妹玛雅有关。 游戏以6天为故事线索，每天为一个章节。 故事之谜逐渐揭开，聚集的进化线粒体最终被消灭。
游戏采用固定视角的3D背景，角色的表现可以在场景中自由移动，与PS上推出以来标志性的《最终幻想》系列的第7代和第8代相同。 不过，战斗方式与最终幻想系列有些不同。 它不是传统的独立回合制系统。
战斗时，虽然像最终幻想系列一样有ATB计时槽，但只有ATB槽满时才能攻击。 不过，在积累ATB槽的过程中，角色可以在场景中自由移动，并且可以避免这种移动。 一些敌人会发起攻击，这比传统的站立式回合制系统有更多的动作成分。
移动以避免攻击
移动以避免攻击
当ATB槽满后，你选择了一种行动方式，时间会再次暂停，变成回合制。
另外，大型BOSS一般都有多个攻击部位可以选择。 对应部位被破坏后，BOSS对应部位的攻击方式将会受到限制。 因此，在战斗中，你需要考虑先摧毁哪一部分。 回合制策略的趣味性也体现出来了。
这种战斗方式也被运用在2000年推出的FAMI通行证历史上唯一一款获得满分的PS平台游戏《流浪大冒险》中。
