由于神印的具体构成依旧不明，所以科学家只能用铋来代替其他的未知元素，所以复制体看上去呈通体红色，被称为“红色神印”，为了复制体与本体之间的区别，人们将最初的那尊称作“原始神印”。而且为了研究的保密性和安全性，这些“红色神印”被分别部署在远离地球的殖民地，比如人马座比邻星、“格利泽581”和“圣盾VII”这样的荒凉星球。
公元2312年
位于天鹅座星系“圣盾VII”上的“红色神印”（Marker 3A）第一次被激活测试，研究人员根据其DNA指令创造出了历史上第一组重构微生物。不过情况立刻急转直下，研究人员先是发现“红色神印”依然人有着类似的催眠和诱导效果，紧接着“尸变体”便出现导致整个研究团队死亡。
这场意外让科学家发现神印不但能够创造“尸变体”，还对它们有着绝对的控制能力，几乎所有的“尸变体”只要接近“红色神印”一定范围就会进入休眠状态，后来的研究者将这片区域称为“死亡空间”。军方对“圣盾VII”的项目评估为失败，所有关于“圣盾VII”研究基地的信息被全部封存，那颗“红色神印”也被遗弃在星球表面，而基地内死亡的人类形成的大量“尸变体”在后来组合成了一个巨大的有机结构，被称为“主脑”。（类似“血月”，但还没有达到“血月”的规模）
“圣盾VII事件”还导致了另一个意外结果，意外发生时军方监测到三颗“红色神印”几乎同时收到了来自“原始神印”的信号，科学家通过信号之间形成的托勒密阵列追踪到了信号的来源：一颗位于银河系旋臂星云的“冰冻星球”，塔·弗兰提斯。联邦政府立即派遣了一支殖民舰队前往塔调查（该舰队就成了日后的主权殖民地联盟）。
公元2314年
研究人员在塔·弗兰提斯发现了古老的外星文明和大量“红色神印”，这让人类在理解神印的起源有了重大突破（此时人类错误地以为“神印”是由塔·弗兰提斯的那些外星生物所铸）。不过负责运送原始神印的研究人员开始出现幻觉，一位安全部队士兵将外星人用来冰封星球的装置关闭，导致整个殖民地开始出现“尸变体狂潮”。
