前两季动画的故事已经发展到原作小说的一半了，接下来的剧情将会带来科学与魔法第三次交织，故事的主线将大幅推进。
魔禁III的责编三木一马在接受采访时透露过：第三季的剧情是与三名“神之右席”之间的战斗，至于这三位是谁并没有透露。
除了和三位“神之右席”战斗之外，中间还会穿插一些学园都市的暗部成员之间的对决。三木特别推荐大家关注超能力者垣根帝督的表现，除此之外还有四大看点。
1. 魔禁第三主角出场
滨面仕上是一位头发染成茶色、一脸笨蛋相的小混混，个性轻浮又多话，平时身着土里土气的运动衫和牛仔裤的高中生，以“俺”作为第一人称。
也是“武装无能力集团（Skill Out）”的现首领，暗部组织“道具”的杂役。第二个完成“等级零打倒等级五”这种不可能任务的人。爱华斯评价他为“没被任何人选中，也没有半点象样的资质，但为了保护自己最珍惜的对象，而挺身成为英雄之人”。
2. 御坂美琴的感情变化
在前两季中慢慢的对上条当麻开始有些在意的炮姐，在第三季中将会知道当麻的某个秘密，因为这个秘密，她的感情也会发生一些改变。
3. 剧情的深入探讨
上条的秘密到底是什么？与各路人马的战斗又会带来怎样精彩的表现，以及如何走上王者的道路也让我们充满期待。
4.还有一位新角色的登场
